结论概述：在新闻背景中，葛某某和吴某某因通过“深度链接”技术非法传播近4000部网络小说，侵犯了著作权人的信息网络传播权，构成侵犯著作权罪，分别被判处有期徒刑及罚金。软件开发者及推广者在此类案件中，需承担刑事责任、民事责任，并可能面临行政处罚。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律定性及依据
刑事责任：
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》第二百一十七条，以营利为目的，未经著作权人许可，复制发行、通过信息网络向公众传播其文字作品、音乐、美术、视听作品、计算机软件及法律、行政法规规定的其他作品的，违法所得数额较大或者有其他严重情节的，构成侵犯著作权罪。
- 本案分析：葛某某和吴某某通过开发“×读”软件，利用“深度链接”技术，非法传播近4000部网络小说，违法所得达100余万元，符合侵犯著作权罪的构成要件。
民事责任：
- 法律依据：根据《中华人民共和国著作权法》第五十二条，未经著作权人许可，复制、发行、表演、放映、广播、汇编、通过信息网络向公众传播其作品的，应当根据情况，承担停止侵害、消除影响、赔礼道歉、赔偿损失等民事责任。
- 本案分析：葛某某和吴某某的行为侵犯了著作权人的信息网络传播权，著作权人有权要求其停止侵害、赔偿损失。
行政责任：
- 法律依据：根据《信息网络传播权保护条例》等相关规定，未经著作权人许可，通过信息网络向公众传播其作品的，还可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
- 本案分析：虽然新闻背景中未明确提及行政处罚，但根据法律规定，葛某某和吴某某的行为同样可能受到行政处罚。
二、法律责任的具体承担
刑事责任的具体承担：
- 有期徒刑：葛某某和吴某某分别被判处有期徒刑二年和一年九个月，这是对其犯罪行为的刑事制裁。
- 罚金：两人还被并处罚金，这是对其违法所得的额外惩罚。
- 追缴违法所得：两人的违法所得被追缴，这是对其非法利益的剥夺。
民事责任的具体承担：
- 赔偿损失：著作权人有权要求葛某某和吴某某赔偿因其侵权行为所造成的损失，包括直接损失和间接损失。
- 停止侵害：葛某某和吴某某需停止其侵权行为，即停止传播侵权作品。
行政责任的具体承担（虽未明确提及，但可能涉及）：
- 罚款：根据违法情节的严重程度，可能面临一定数额的罚款。
- 没收违法所得：与刑事责任中的追缴违法所得类似，行政处罚中也可能涉及没收违法所得。
三、对公众的启示
- 尊重知识产权：公众应增强知识产权保护意识，尊重他人的著作权，不传播未经授权的作品。
- 合法使用技术：在开发和使用技术时，应遵守法律法规，不利用技术进行非法活动。
- 积极维权：著作权人在发现侵权行为时，应积极维权，通过法律途径保护自己的合法权益。
四、热点事件延伸思考
- 技术升级与法律监管：随着技术的不断发展，如“深度链接”等新型侵权手段层出不穷，法律监管需紧跟技术步伐，不断完善相关法律法规。
- 行业自律与规范：相关行业应加强自律，制定行业规范，共同维护良好的市场秩序和知识产权保护环境。
- 公众教育与宣传：加强对公众的知识产权教育，提高公众的法律意识和维权意识，是预防侵权行为的重要途径。
总结：软件开发者及推广者在未经著作权人许可的情况下，通过技术手段非法传播作品，构成侵犯著作权罪，需承担刑事责任、民事责任，并可能面临行政处罚。公众应增强知识产权保护意识，合法使用技术，积极维权。同时，法律监管、行业自律和公众教育也是预防侵权行为、维护良好市场秩序的重要方面。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。