在故意伤害案件中，二次伤情鉴定的费用一般由申请方先行垫付，最终根据案件具体情况和法院判决来确定由谁承担，主要依据是《诉讼费用交纳办法》的相关规定。以下是对此问题的详细分析：
费用垫付原则：
- 在刑事诉讼或民事诉讼过程中，如果一方对初次伤情鉴定结果有异议，可以申请进行二次伤情鉴定。此时，申请方通常需要先行垫付鉴定费用。这是基于诉讼程序中的一般原则，即谁主张、谁举证，申请方需要为自己的主张提供证据，因此先承担相关费用。
费用承担依据：
- 根据《诉讼费用交纳办法》的相关规定，诉讼过程中因鉴定、公告、勘验、翻译、评估、拍卖、变卖、仓储、保管、运输、船舶监管等发生的依法应当由当事人负担的费用，人民法院根据谁主张、谁负担的原则，决定由当事人直接支付给有关机构或者单位，人民法院不得代收代付。在故意伤害案件中，二次伤情鉴定费用即属于此类应当由当事人负担的费用。
- 具体到案件中，如果二次伤情鉴定结果改变了初次鉴定结果，且对案件处理有实质性影响，那么法院可能会根据案件具体情况，判决由责任方（如加害方）承担鉴定费用。如果鉴定结果未改变初次结果，或者对案件处理无实质性影响，那么费用可能由申请方自行承担。
实际操作中的考虑：
- 在实际操作中，法院会综合考虑案件的具体情况，包括双方当事人的经济状况、鉴定结果对案件的影响等因素，来决定鉴定费用的最终承担方。
- 如果双方当事人对鉴定费用的承担有争议，可以在诉讼过程中提出，由法院进行裁决。
建议：
- 对于涉及故意伤害案件的当事人，如果需要进行二次伤情鉴定，建议提前了解相关法律规定和诉讼程序，做好费用垫付的准备。
- 在诉讼过程中，积极与法院沟通，提供充分的证据和理由，以争取对自己有利的费用承担判决。
总结来说，故意伤害案件中二次伤情鉴定的费用一般由申请方先行垫付，最终根据案件具体情况和法院判决来确定由谁承担。如果你对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。