交通事故二次伤残鉴定的费用，一般情况下先由申请者垫付，后续根据责任比例或法院判决由责任人承担。以下是对此问题的详细分析：

一、费用垫付原则

在交通事故伤残鉴定过程中，无论是初次鉴定还是二次鉴定（即重新鉴定），鉴定费通常需由申请人先行垫付。这是因为鉴定程序启动时，事故责任尚未明确，因此先由申请人承担费用，以推动鉴定工作的顺利进行。

二、最终承担主体的确定

1. 根据双方责任分担：

   • 在交通事故责任划分清晰后，伤残鉴定费作为事故损失的一部分，将依据事故双方的责任比例进行分担。例如，若事故完全由一方责任导致，那么另一方为确定伤残等级所垫付的鉴定费应由责任方全额承担。
   • 若双方均有责任，则伤残鉴定费通常由双方按责任比例各自承担一部分。比如，若双方负同等责任，则鉴定费用平分。

2. 保险公司承担：

   • 在机动车交通事故中，若肇事车辆已购买相应保险，且保险合同中包含对鉴定费进行赔偿的条款，那么在责任明确后，鉴定费可由保险公司在保险责任范围内赔付。特别是商业第三者责任险，可能包含对被保险人应承担的必要、合理鉴定费用的赔偿条款。
   • 需要注意的是，交强险通常不直接规定鉴定费的赔偿，但商业险可能有所涵盖，具体需依据保险合同条款及法院判决来确定。

3. 法院判决决定：

   • 在某些特殊情况下，如一方故意拖延赔偿、不积极配合处理等，法院会根据案件的实际情况，综合考虑各种因素，对鉴定费的承担作出具体判决。这可能导致有过错的一方承担更多甚至全部的鉴定费用。

三、特殊情况下的承担者

1. 重新鉴定费用：

   • 若一方对初次鉴定结果不服并申请重新鉴定，重新鉴定的费用由申请方先行支付。但最终，这笔费用将根据责任划分或法院判决由责任人承担。若重新鉴定结论与原鉴定不一致，且原鉴定存在错误或不当之处，那么原鉴定费用也可能由原鉴定机构或责任方承担（但此情况较为复杂，需具体分析）。

2. 法院依职权进行的鉴定：

   • 法院依职权进行的伤残鉴定，其费用一般由法院承担或由双方当事人协商解决。若是当事人申请并由法院批准进行的鉴定，最终费用也通常由败诉方承担（根据《诉讼费用交纳办法》的相关规定）。

四、建议与总结

鉴于交通事故二次伤残鉴定费的承担问题涉及多个法律知识点和实际情况的复杂性，我建议您在处理此事时：

• 保留好相关票据：无论是初次鉴定还是二次鉴定，都应妥善保留所有与伤残鉴定相关的证据和票据，以便后续主张权利。
• 了解保险条款：若肇事车辆已购买保险，应仔细阅读保险合同条款，了解保险公司对鉴定费的承担情况。
• 寻求法律帮助：若就伤残鉴定费的承担问题发生争议，且无法通过协商解决，可向我咨询或寻求其他法律途径解决。

希望以上分析能对您有所帮助。如果您有任何其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。