关于学校盖了公章的同一人证明是否有效的问题，这主要取决于公章的使用是否符合学校的相关管理制度以及法律法规的规定。

首先，我们需要明确的是，学校公章是学校对外行使法人权利的标志，它代表了学校的正式意见和决策。因此，在正常情况下，如果学校按照其公章管理制度，由具有相应权限的人员（如校长或授权的办公室负责人）审核批准后，在正式的证明材料上加盖了公章，那么这份证明材料在法律上通常是具有效力的。

具体到您提到的“同一人证明”，如果这份证明是由学校正式出具，且加盖了学校公章，同时用章过程符合学校公章管理制度的规定（如经过了主要领导的审核批准，填写了公章使用记录等），那么这份证明在法律上应该是有效的。它能够证明相关人员的身份信息或同一性，对于需要此类证明的场合（如办理某些手续、参与某些活动等）具有重要的作用。

然而，如果公章的使用存在违规情况，比如未经审核批准私自加盖、公章被非法盗用或滥用等，那么这份证明材料的法律效力就可能会受到质疑。在这种情况下，相关人员可能需要承担法律责任，并可能面临学校的纪律处分。

因此，为了确保学校盖了公章的同一人证明的有效性，建议您在办理相关手续时，务必确保公章的使用符合学校的管理制度和法律法规的规定。如果可能的话，可以事先咨询学校的相关部门或法律顾问，以获取更具体的指导和建议。