结论：在对方全责且对方申请复议的情况下，您依然可以申请由自己的保险公司进行修车（即启动代位追偿程序），但需满足一定条件；也可以选择等待交通事故责任认定复议结果出来后，直接要求对方或其保险公司赔偿修车费用。以下是具体分析：
申请自己的保险公司修车（代位追偿）
- 条件：根据《中华人民共和国保险法》第六十条的规定，因第三者对保险标的的损害而造成保险事故的，保险人自向被保险人赔偿保险金之日起，在赔偿金额范围内代位行使被保险人对第三者请求赔偿的权利。也就是说，在对方全责的情况下，如果您自己的车辆投保了车损险，您可以先向自己的保险公司报案并申请定损修车，同时将自己的保险公司作为索赔对象。您的保险公司在向您赔偿后，会取得代位追偿权，即代替您向对方（全责方）追偿。
- 流程：您需要及时向自己的保险公司报案，提供交通事故责任认定书（即使对方申请复议，在复议结果出来前，原认定书依然有效）、现场照片、修车发票等相关证据材料。保险公司会根据定损情况先向您支付修车费用，之后由保险公司与对方或其保险公司进行交涉和追偿。
- 注意事项：代位追偿可能会影响您次年的保险费率。一般来说，使用代位追偿会被视为一次出险，可能导致次年保费上涨。不过，不同保险公司的政策可能有所不同，您可以提前向自己的保险公司了解清楚。
等待复议结果后要求对方赔偿
- 情况分析：对方申请复议并不影响原交通事故责任认定书的暂时效力。在复议期间，您可以先与对方协商修车赔偿事宜。如果复议结果维持原认定，即对方依然全责，那么您可以直接要求对方或其保险公司赔偿您的修车费用。
- 流程：如果对方配合，您可以与对方一起到指定的修车厂进行定损，然后由对方支付修车费用或者由其保险公司直接将赔款支付给修车厂。如果对方不配合，您可以在复议结果出来后，凭借有效的交通事故责任认定书，通过法律途径（如向法院提起诉讼）要求对方赔偿。
- 注意事项：等待复议结果可能需要一定的时间，在这期间您的车辆可能无法及时修理，会给您的生活和出行带来不便。而且，如果复议结果改变原认定，即对方不再全责，那么您可能需要按照新的责任比例与对方分担修车费用。