结论：被告将款项还给丈夫是否合法，取决于借款的性质、来源、用途以及是否存在特殊法律情形。以下从不同角度进行分析：
一、借款合同相对性原则
借款合同具有相对性，原则上应当由债权人（即出借人）作为原告向法院提起诉讼来主张债权。在妻子与借款人之间形成借款法律关系的前提下，通常应由妻子作为原告提起诉讼。若被告直接将款项还给丈夫，而未经妻子同意或未有合法依据，则可能构成不当得利或侵犯妻子的债权，此时还款行为可能不合法。
二、夫妻共同财产与共同债务的基本原则
如果借款属于夫妻共同财产：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，夫妻在婚姻关系存续期间所得的财产，为夫妻的共同财产，归夫妻共同所有。若借款行为未经丈夫同意，但借款属于夫妻共同财产，丈夫有权提起诉讼，要求追回被擅自处分的共同财产。然而，这并不意味着被告可以直接将款项还给丈夫，除非得到妻子的明确同意或法院判决支持。
如果借款属于妻子的个人财产：
- 原则上，丈夫无权以自己的名义起诉要求还款，因为个人财产的所有权归属于个人，个人有权依法处分自己的财产。若被告直接将款项还给丈夫，而未经妻子同意，则可能构成不当得利，此时还款行为不合法。
三、特殊情况下的合法性分析
债权转让：
- 若妻子将债权合法转让给丈夫，并通知了债务人，此时丈夫作为债权受让人有权要求被告还款。在此情况下，被告将款项还给丈夫是合法的。
代理行为：
- 若妻子明确授权丈夫作为其代理人提起诉讼，并提交合法有效的授权委托手续，丈夫有权代表妻子要求被告还款。在此情况下，被告将款项还给丈夫（作为妻子的代理人）也是合法的。
债务用于夫妻共同生活或生产经营：
- 若能证明该债务用于夫妻共同生活、共同生产经营或基于夫妻双方共同意思表示，则该债务可能被视为夫妻共同债务。在此情况下，虽然原则上应由妻子作为原告提起诉讼，但若丈夫能够证明其有权代表夫妻双方主张债权，被告将款项还给丈夫可能被视为合法。然而，这通常需要法院的判决支持或妻子的明确同意。
四、法律建议
明确借款性质：
- 首先，需要明确借款是属于夫妻共同财产还是妻子的个人财产。这有助于确定谁有权作为原告提起诉讼。
沟通协商：
- 在诉讼前，建议妻子、丈夫和被告之间进行沟通协商，尝试达成和解或还款协议。这有助于减少诉讼成本和时间。
遵循法律程序：
- 如果无法达成和解，应遵循民事诉讼的相关程序提起诉讼。在诉讼过程中，应提供充分的证据证明借款的性质、来源、用途以及谁有权主张债权。
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总结：被告将款项还给丈夫是否合法，取决于多种因素。在处理此类问题时，建议明确借款性质、沟通协商、遵循法律程序，并在必要时寻求专业法律帮助。