针对您提出的“厢式车辆更换货箱怎么处罚”的问题，这确实是一个涉及道路运输法规的重要议题。以下是我根据相关法律法规和实际案例，为您提供的详细解答：

一、法规依据

根据《中华人民共和国道路运输条例》第三十条的规定，货运经营者不得擅自改装已取得营运证的货运车辆。这一规定旨在维护道路运输市场的秩序，确保车辆的安全性能，保护人民群众的生命财产安全。

二、处罚情况

1. 行政处罚：

   • 如果货运经营者擅自改装已取得营运证的厢式车辆货箱，根据《中华人民共和国道路运输条例》第六十九条第二款的规定，交通运输部门将依法对其进行行政处罚。
   • 处罚的力度通常根据违法行为的严重程度、改装程度以及对道路运输安全的影响等因素来综合确定。在提供的案例中，两家公司因擅自改装货运车辆，均被处以罚款人民币捌仟圆整（¥8000）的行政处罚。

2. 恢复原状：

   • 除了行政处罚外，交通运输部门还可能要求货运企业或车主自行拆除改装设备，恢复车辆原状。这是为了确保车辆符合道路运输的安全标准，减少潜在的安全风险。

3. 其他后果：

   • 擅自改装货运车辆还可能影响车辆的年检、保险等后续事宜。例如，保险公司可能因车辆改装而拒绝承担保险责任，或者要求增加保费。
   • 如果改装行为导致交通事故，货运企业或车主还可能面临更严重的法律责任，包括民事赔偿、刑事责任等。

三、实际案例

• 在提供的案例中，深圳市某某源物流有限公司和龙岩市永定区顺某某合运输有限公司均因擅自改装已取得营运证的货运车辆而被处罚。这两家公司的行为都违反了《中华人民共和国道路运输条例》的相关规定，并受到了相应的行政处罚。

四、建议与提醒

• 作为货运经营者或车主，应严格遵守道路运输法规，不得擅自改装货运车辆。如果需要更换货箱或进行其他改装，应依法向相关部门申请并获得批准。
• 定期对车辆进行维护和检查，确保车辆的安全性能符合道路运输的要求。
• 如果发现其他货运企业或车主存在擅自改装车辆的行为，应及时向交通运输部门举报，共同维护道路运输市场的秩序和安全。

综上所述，厢式车辆更换货箱如果未经批准擅自进行，将面临行政处罚、恢复原状以及其他可能的法律后果。因此，建议您在更换货箱前务必了解相关法律法规，并依法进行申请和审批。