农村承包土地使用权纠纷一般不能直接由市里仲裁机构进行仲裁，但具体需视纠纷类型和仲裁协议而定。以下从不同角度为你详细分析：

1. 仲裁机构管辖范围：

   • 通常情况下，农村承包土地使用权纠纷属于农村土地承包经营纠纷，这类纠纷的仲裁机构一般是农村土地承包仲裁委员会，而非市里的仲裁机构（如市仲裁委员会，其通常处理商事仲裁等）。农村土地承包仲裁委员会是专门设立用于解决农村土地承包经营纠纷的机构，对这类纠纷具有专属管辖权。

2. 仲裁协议的重要性：

   • 如果双方当事人在合同中明确约定了发生纠纷时由市里的仲裁机构进行仲裁，并且该约定符合《中华人民共和国仲裁法》的相关规定（如仲裁协议具有明确的仲裁意思表示、选定的仲裁委员会名称准确等），那么在这种情况下，农村承包土地使用权纠纷可以由市里的仲裁机构进行仲裁。但这种情况相对较少，因为农村土地承包合同中通常不会约定由市里的仲裁机构仲裁。

3. 法律程序与救济途径：

   • 若未达成有效的仲裁协议，或者纠纷不属于农村土地承包仲裁委员会的专属管辖范围，当事人可以选择向人民法院提起诉讼。根据《中华人民共和国农村土地承包法》的相关规定，因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。

4. 实际操作建议：

   • 在处理农村承包土地使用权纠纷时，建议当事人首先查看合同中是否有仲裁协议，并确认仲裁协议的有效性。如果没有仲裁协议或者仲裁协议无效，当事人可以考虑向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁或者直接向人民法院起诉。
   • 如果当事人确实希望由市里的仲裁机构进行仲裁，并且符合仲裁法的相关规定，那么需要在合同中明确约定，并确保仲裁协议的有效性。

举例说明：假设甲和乙是农村土地承包合同的双方当事人，合同中未约定仲裁条款。后来因土地承包经营发生纠纷，甲希望向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁，而乙则希望向市里的仲裁机构申请仲裁。由于合同中未约定仲裁条款，且农村土地承包仲裁委员会对这类纠纷具有专属管辖权，因此乙的希望可能无法实现，除非双方能够达成新的仲裁协议并明确约定由市里的仲裁机构进行仲裁。

总结与建议：农村承包土地使用权纠纷的仲裁机构选择需根据具体情况而定。在处理这类纠纷时，建议当事人首先查看合同中的仲裁条款，并咨询专业律师以了解具体的法律程序和救济途径。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。