结论：在交通事故判决下来由全责方支付赔偿款，但原告已将医院发票拿去报销的情况下，处理方式需根据报销的性质和具体情况来定。以下是从不同角度给出的详细分析和建议。
一、若原告通过医保报销
法律背景：
- 医保报销是基于社会保险制度，旨在减轻参保人员的医疗负担。当参保人员因交通事故受伤并产生医疗费用时，医保部门会根据规定进行报销。
- 然而，如果交通事故是由第三方（即全责方）造成的，那么医保报销的部分费用理论上应由全责方承担。这是因为医保报销并不免除全责方的赔偿责任。
处理建议：
- 与全责方沟通：首先，应与全责方或其保险公司沟通，说明医保报销的情况，并要求全责方支付剩余的赔偿款（即医保未报销的部分以及可能存在的其他损失，如误工费、护理费等）。
- 提供报销凭证：向全责方或其保险公司提供医保报销的凭证，以证明已报销的金额和剩余的赔偿金额。
- 法律途径：如果全责方拒绝支付或协商无果，可以通过法律途径（如起诉）来维护自己的权益。在起诉时，应提供充分的证据证明全责方的责任以及自己的损失情况。
二、若原告通过其他商业保险报销
法律背景：
- 商业保险报销是基于保险合同关系，当被保险人因特定原因（如交通事故）产生损失时，保险公司会根据合同约定进行赔偿。
- 与医保报销不同，商业保险报销通常不会影响全责方的赔偿责任。即，即使原告已通过商业保险获得赔偿，全责方仍需承担其应负的赔偿责任。
处理建议：
- 保留报销凭证：同样，应保留商业保险报销的凭证，以证明已获得的赔偿金额。
- 要求全责方支付全额赔偿：由于商业保险报销不影响全责方的赔偿责任，因此可以要求全责方支付全额赔偿款（包括医疗费用、误工费、护理费等所有损失）。
- 协商或法律途径：如果全责方拒绝支付或协商无果，同样可以通过法律途径来维护自己的权益。
三、特殊情况处理
若报销金额超过实际损失：
- 在极少数情况下，原告可能通过报销获得的金额超过了其实际损失。这种情况下，原告通常没有义务将超额部分返还给全责方或保险公司，但也不应因此获得不当利益。
- 如果全责方或保险公司发现报销金额超过实际损失，可以与原告协商要求返还超额部分，或者通过法律途径解决。
若报销过程中存在欺诈行为：
- 如果原告在报销过程中存在欺诈行为（如伪造医疗费用单据等），则可能面临法律责任。全责方或保险公司发现后，可以报警处理或通过法律途径追究原告的责任。
四、后续行动建议
- 保留所有相关证据：包括医疗费用单据、报销凭证、交通事故认定书、判决书等所有与案件相关的证据。
- 及时咨询专业律师：如果处理过程中遇到任何疑问或困难，应及时咨询专业律师以获取法律帮助和指导。
总之，在处理此类情况时，关键在于明确报销的性质和金额，以及全责方的赔偿责任。通过与全责方或其保险公司的沟通协商，以及必要时通过法律途径来维护自己的权益，是解决此类问题的有效途径。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。