公司支付咨询费给个人在合法合规的前提下是允许的，但具体操作需根据咨询费金额及税务规定来确定是否需要个人开具发票。以下从不同角度进行详细分析：
一、税务法规要求
增值税角度：
- 根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及相关规定，个人提供咨询服务属于销售服务范畴。若咨询费金额达到增值税起征点，个人应缴纳增值税，并可向税务机关申请代开增值税发票。
所得税角度：
- 企业所得税法允许企业将与收入有关的合理支出在计算应纳税所得额时扣除，但需取得合法有效的发票作为凭证。
- 个人所得税方面，咨询费收入属于劳务报酬所得，需缴纳个人所得税。个人开具发票有助于税务监管，确保税款的合规缴纳。
二、不同情况的具体处理
小额零星交易：
- 标准：若个人提供咨询服务每次（日）销售额不超过500元，根据税务总局相关规定，可无需发票，以收款凭证及内部凭证作为税前扣除依据。
- 操作：收款凭证需载明收款单位名称、个人姓名及身份证号、支出项目、收款金额等相关信息。公司凭此及内部凭证入账，但需注意，此情况下咨询费不得在税前扣除（此处根据实际操作中税务机关的普遍要求修正，即小额零星交易虽可不用发票入账，但税前扣除仍需发票，为避免误导，特此说明实际操作中应尽量取得发票以确保税前扣除，若确实无法取得，需与税务机关沟通确认处理方式，但理论上存在不被允许税前扣除的风险。为更严谨，以下示例中假设公司选择不税前扣除或已与税务机关沟通确认）。
- 示例：公司支付某自由职业咨询师300元咨询费，可凭其出具的收款凭证及公司内部凭证入账，若公司选择不税前扣除该笔费用或已与税务机关沟通确认处理方式，则无需额外取得发票。
非小额零星交易：
- 要求：若咨询费金额较大或不符合小额零星标准，公司需个人提供发票方能在企业所得税税前扣除。
- 操作：个人需携带身份证件、合同等资料至税务机关申请代开增值税发票，并缴纳相应税费。公司取得发票后，可作为税前扣除凭证。
- 示例：公司支付某专家2万元咨询费，该专家需至税务机关代开发票，公司取得发票后方可税前扣除。
三、合规性建议与法律后果
合规性考虑：
- 为确保税务合规，建议公司在支付个人咨询费时，尽量要求个人开具发票。这不仅有助于公司合法入账并在税前扣除，还能避免潜在的税务风险，如被税务机关认定为未取得合法凭证而不得税前扣除，甚至面临罚款等法律后果。
成本控制与税务筹划：
- 对于小额咨询费，虽可不需发票，但公司应权衡税前扣除的利益与开票成本（如个人可能因开票而增加的费用），做出合理选择。
- 公司和个人在进行咨询费支付与收取时，应充分考虑税务规定，进行合理筹划，以降低税负并确保税务合规。例如，可以通过签订正式合同、明确费用标准、及时开票等方式来优化税务处理。
总结来看，公司支付咨询费给个人在合法合规的前提下是允许的，但具体操作需根据咨询费金额及税务规定来确定是否需要个人开具发票。为确保税务合规和降低潜在风险，建议公司在支付咨询费时尽量要求个人开具发票。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。