摩托车被交警扣留但未入库，您可按以下步骤处理：

1. 核实扣留程序合法性
   根据《道路交通安全法》第72条，交警扣留车辆需当场出具《行政强制措施凭证》，明确扣留原因、期限及处理方式。若未出具凭证，您有权要求交警补开或说明理由。若凭证已开具但车辆未入库，可能涉及程序瑕疵，但不影响扣留本身的合法性。

2. 联系交警部门确认车辆状态

   • 携带身份证、驾驶证、行驶证及扣留凭证，前往扣留车辆的交警大队或中队，要求查询车辆是否已登记入库。
     
   • 若车辆未入库，要求交警说明原因（如系统故障、场地问题等），并书面记录查询结果（如通过《车辆扣留登记表》复印件）。
     
   • 关键点：若交警承认未入库但拒绝处理，可要求其出具书面说明，作为后续投诉或诉讼的证据。

3. 主张车辆保管责任

   • 根据《行政强制法》第26条，交警部门对扣留车辆负有妥善保管义务。若因未入库导致车辆损坏、丢失，您可要求交警部门赔偿。
     
   • 操作建议：立即对车辆现状拍照、录像（如车身划痕、里程表读数等），并保留相关证据。若车辆已损坏，可委托第三方机构评估损失，向交警部门提出书面赔偿请求。

4. 申请解除扣留或提车

   • 若扣留期限已满（如一般事故扣留不超过30日），或您已处理完违法行为（如缴纳罚款、提供担保等），可要求交警部门解除扣留并归还车辆。
     
   • 注意：若交警以“车辆未入库”为由拒绝放车，您可明确指出其保管义务，并要求其立即履行。若仍拒绝，可向其上级部门（如市公安局交通管理局）投诉或申请行政复议。

5. 投诉与救济途径

   • 投诉：向交警部门的督察部门或纪委监委反映情况，要求督促整改。
     
   • 行政复议：若认为扣留程序违法或交警不作为，可在知道该行为之日起60日内向同级人民政府或上级交警部门申请复议。
     
   • 行政诉讼：若复议未解决，可在收到复议决定书之日起15日内向法院起诉，或直接起诉原扣留行为（需在知道行为之日起6个月内）。

温馨提示：处理过程中保持冷静，避免与交警发生冲突。所有沟通尽量书面化（如通过EMS寄送申请书、投诉信），并保留寄送凭证。若需进一步帮助，可直接向我咨询具体操作细节。