结论概述：针对您提出的“被法院查封的车辆已由第三方保管使用且有协议”的情况，需从多个角度分析，包括查封的法律效力、第三方保管使用的合法性、协议的有效性及可能面临的法律后果。
1. 查封的法律效力
- 查封定义：查封是法院依法对涉案财产采取的一种强制措施，旨在确保财产在诉讼过程中不被转移、隐匿或毁损，以保障未来判决的执行。
- 查封效力：一旦车辆被法院查封，其所有权虽未转移，但处分权受到限制。未经法院许可，任何单位或个人不得擅自使用、处分查封财产。
2. 第三方保管使用的合法性
- 合法保管：若第三方是基于法院的指定或同意而保管使用查封车辆，且严格遵守了法院的相关规定和限制，则这种保管使用行为是合法的。
- 非法使用：若第三方未经法院许可，擅自占有、使用或处分查封车辆，则构成非法行为，可能面临法律制裁，包括但不限于罚款、拘留，甚至可能构成犯罪。
3. 协议的有效性
- 协议内容：您提到的“有协议”，需具体分析协议内容。若协议是在法院查封之前签订，且内容不违反法律法规的强制性规定，一般具有法律效力。但若协议涉及查封车辆的处分（如转让、抵押等），则因违反查封的法律效力而无效。
- 协议与查封的关系：即使协议在查封前签订且合法有效，但一旦车辆被查封，协议中关于车辆使用的部分也可能受到限制。第三方需遵守法院关于查封财产的使用规定，否则可能构成违约或违法。
4. 可能面临的法律后果
- 对车辆所有人的后果：若车辆所有人明知车辆被查封仍允许第三方使用，或与第三方串通逃避查封，可能面临法院的罚款、拘留等处罚，甚至可能构成拒不执行判决、裁定罪。
- 对第三方的后果：如前所述，第三方非法使用查封车辆可能面临法律制裁。若因非法使用导致车辆损坏或灭失，还需承担赔偿责任。
- 对协议的影响：若协议因违反查封的法律效力而无效，双方可能需根据过错程度承担相应的法律责任，如返还财产、赔偿损失等。
5. 建议措施
- 核实查封情况：首先，应核实车辆是否确实被法院查封，以及查封的具体原因和期限。
- 审查协议内容：仔细审查与第三方签订的协议，特别是关于车辆使用的部分，确保不违反法律法规和法院的相关规定。
- 与法院沟通：若对查封或协议有疑问，建议及时与法院沟通，了解查封的具体要求和限制，以及如何合法处理查封财产。
- 寻求法律帮助：若涉及复杂的法律问题或纠纷，建议寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到妥善保护。
总结：被法院查封的车辆已由第三方保管使用且有协议时，需综合考虑查封的法律效力、第三方保管使用的合法性、协议的有效性及可能面临的法律后果。建议核实查封情况、审查协议内容、与法院沟通并寻求法律帮助，以确保合法合规地处理查封财产。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。