结论：养殖场粪污直排乱排与兽医站是否开具检疫证明是两个独立的问题，兽医站不开具检疫证明的行为是否合法，需根据具体情况判断，不能直接因养殖场存在粪污直排乱排就认定兽医站不开检疫合法或不合法。以下从不同角度为你详细分析：

养殖场粪污直排乱排的法律责任

养殖场粪污直排乱排属于环境污染行为，违反了《中华人民共和国环境保护法》以及《中华人民共和国水污染防治法》等相关法律法规。根据这些法律，养殖场有义务采取有效措施，防止粪污对环境造成污染。如果养殖场未做到这一点，环保部门有权对其进行处罚，包括但不限于罚款、责令整改等措施。这一行为与兽医站是否开具检疫证明没有直接的因果关系，但养殖场若因粪污直排乱排受到处罚或存在不良记录，可能会影响其整体运营和信誉，间接影响到检疫等环节的顺利进行。

兽医站开具检疫证明的职责与条件

兽医站作为动物防疫和检疫的官方机构，其职责包括按照国家规定对动物及动物产品进行检疫，并出具相应的检疫证明。开具检疫证明的条件通常包括：

1. 动物健康状况：动物必须处于健康状态，没有传染病或其他疾病。
2. 养殖环境合规：虽然直接的法律条文可能未明确提及粪污处理情况，但良好的养殖环境是动物健康的基础，也是兽医站在进行检疫时可能会考虑的因素之一。不过，这并不意味着养殖场存在粪污直排乱排，兽医站就有权拒绝开具检疫证明，除非这种行为直接导致了动物健康问题或违反了特定的动物防疫规定。
3. 符合其他检疫要求：如动物已经接受了必要的疫苗接种、药物残留检测等。

兽医站不开具检疫证明的可能情况

1. 养殖场存在动物疫情：如果养殖场内的动物患有传染病或其他疾病，兽医站有权拒绝开具检疫证明，以防止疫情扩散。
2. 养殖场未满足检疫条件：如动物未接受必要的疫苗接种、药物残留超标等，兽医站也可能拒绝开具检疫证明。
3. 兽医站自身原因：如兽医站工作人员疏忽、设备故障等，也可能导致无法及时开具检疫证明。但这种情况与养殖场粪污直排乱排无关。

针对你问题的具体建议

1. 对于养殖场粪污直排乱排：建议养殖场立即采取措施整改，确保粪污得到妥善处理，避免对环境造成进一步污染。同时，积极与环保部门沟通，了解整改要求和期限，争取减轻或免除处罚。
2. 对于兽医站不开具检疫证明：首先应了解具体原因。如果是因养殖场自身问题（如动物健康状况、未满足检疫条件等）导致的，应尽快整改以满足检疫要求。如果是兽医站自身原因或存在不当行为，可以向相关部门投诉或寻求法律援助。

最后，养殖场粪污直排乱排与兽医站是否开具检疫证明是两个独立的问题，需要分别对待和处理。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。