在高速路应急车道上摩托车发生追尾事故时，处理流程需要严谨且有序，以确保安全、合法并有效地解决后续问题。以下是详细的处理步骤：

一、确保安全与警示

1. 人员迅速转移：事故发生后，首要任务是确保所有驾乘人员的安全。应立即将所有人员转移到右侧路肩、紧急停车带或护栏外等安全地带，避免在行车道或应急车道内停留，以减少二次事故的风险。

2. 开启双闪与设置警示：迅速开启摩托车的危险报警闪光灯（双闪灯），以警示其他车辆。同时，在来车方向150米以外设置三角警示标志，提醒过往车辆注意避让。在恶劣天气条件下，如雨、雪、雾等，应适当增加警示标志的设置距离，以确保更大的安全范围。

二、报警与急救

1. 及时拨打报警电话：立即拨打122报警电话，向警方清晰准确地报告事故发生的时间、具体位置、车辆损坏情况以及人员伤亡情况。这有助于警方迅速响应并到达现场。

2. 拨打急救电话（如需要）：若事故中有人员受伤，应同时拨打120急救电话，请求医疗救助。确保受伤人员得到及时的治疗和护理。

三、现场证据收集

1. 拍摄事故现场：在确保安全的前提下，使用手机或相机从多个角度拍摄事故现场的照片。包括车辆位置、碰撞部位、刹车痕迹、道路状况以及交通标志等。这些照片将作为后续处理的重要证据。

2. 记录相关信息：详细记录对方车辆的车牌号、行驶证、驾驶证、交强险保单信息以及联系方式。同时，记下目击者的姓名和联系方式，以便后续需要时进行联系和作证。

3. 记录事故经过：详细记录事故发生的时间、地点、天气情况、路况以及双方车辆的行驶状态等。这些信息将有助于警方和保险公司了解事故的全貌，从而作出更准确的判断和处理。

四、配合交警调查

1. 如实陈述事故经过：交警到达现场后，应如实陈述事故发生的经过，不得隐瞒或提供虚假信息。这有助于警方了解事故的真实情况，并作出公正的责任认定。

2. 配合相关检查：按交警要求配合进行酒精检测等相关检查。这是为了确认事故是否涉及酒驾等违法行为，从而确保处理的公正性和合法性。

五、责任认定与后续处理

1. 等待责任认定：根据交警的现场勘查、当事人陈述、证人证言等证据，交警会依据交通法规作出事故责任认定书。一般情况下，后车在应急车道追尾事故中承担主要或全部责任的可能性较大。但如前车存在违法停车、未按规定设置警示标志等过错行为，也可能需承担相应责任。

2. 通知保险公司并提交理赔材料：及时向自己车辆的保险公司报案，告知事故发生的情况。拿到事故责任认定书后，及时向保险公司提交理赔所需的材料，如事故责任认定书、车辆维修发票、医疗费用清单等。

3. 赔偿协商与解决：根据事故责任认定书，与对方驾驶员或保险公司协商赔偿事宜。若双方能达成一致意见，可自行协商解决；若协商不成，可申请交警部门进行调解或向人民法院提起民事诉讼。

在整个处理过程中，务必保持冷静和理智，遵循法律程序。确保自身权益得到妥善维护的同时，也尊重他人的权益和法律的规定。