针对您提出的“农药种子罚款上5万元怎么办”的问题，这实际上涉及到了销售假种子可能面临的法律后果及应对措施。以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，如果销售假种子的金额达到5万元，这已经构成了生产、销售伪劣产品罪，司法机关将会对此进行立案追诉。这是因为，根据相关法律及司法解释，销售明知是假的或者失去使用效能的种子，或以不合格种子冒充合格种子，且销售金额达到一定标准（如5万元以上），即满足了生产、销售伪劣产品罪的立案条件。
接下来，我们来看看可能面临的刑事责任与处罚：
刑事责任：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，对于生产、销售伪劣产品的行为，将依据销售金额的大小进行不同程度的处罚。具体来说，销售金额5万元以上不满20万元的，处二年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处销售金额50%以上二倍以下罚金。
额外处罚：
- 如果销售假种子的行为还导致了生产遭受较大损失（一般以2万元以上为起点），那么除了上述刑事处罚外，还可能面临三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的额外处罚。
面对这样的法律后果，我建议您采取以下措施：
立即停止违法行为：
- 如果您或您的企业正在销售假种子，应立即停止这一行为，以避免进一步的法律风险和损失。
配合调查与处理：
- 如果已经被司法机关立案侦查，应积极配合调查，如实陈述事实，提供相关证据，以便司法机关能够准确判断案件性质和情节，从而作出公正的裁决。
寻求法律帮助：
- 在处理此类法律问题时，建议您寻求专业律师的帮助。律师可以为您提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助您更好地维护自己的合法权益。
加强合规经营：
- 未来在从事种子销售活动时，务必严格遵守相关法律法规，确保销售的种子质量符合国家标准和客户需求。通过合法合规的经营行为，不仅可以避免法律风险，还能维护良好的市场秩序和消费者权益。
总之，销售假种子是一种严重的违法行为，一旦销售金额达到5万元，即构成生产、销售伪劣产品罪，并面临严厉的刑事处罚。因此，我强烈建议您务必遵守法律法规，确保种子质量，以避免可能的法律风险。如果您已经面临相关法律问题，请及时寻求专业律师的帮助。