药店虚开发票不一定会坐牢，但确实存在坐牢的法律风险，具体是否会被判处刑罚，需根据虚开的金额、情节、主观故意以及后续行为等多个因素来综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、虚开发票的法律后果
行政处罚：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》，对于虚开发票的行为，税务机关可处以罚款，并没收违法所得。
- 虚开金额在1万元以下的，可并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款。
刑事处罚：
- 虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票：若虚开的税款数额在十万元以上，或造成国家税款损失数额在五万元以上，应予立案追诉。根据情节轻重，可能面临三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；数额较大或有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；数额巨大或有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。
- 虚开普通发票：若虚开发票金额累计在五十万元以上，或虚开发票一百份以上且票面金额在三十万元以上，或五年内因虚开发票受过刑事处罚或二次以上行政处罚，又虚开发票，数额达到上述标准的百分之六十以上，应予立案追诉。情节严重的，处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节特别严重的，处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
二、影响判决的因素
虚开金额和情节：
- 虚开发票的金额大小和情节严重程度是判断是否构成犯罪的重要因素。金额较小、情节较轻的，可能仅受行政处罚。
- 若金额较大、情节严重，如多次虚开、持续时间较长或用于非法目的，则可能构成犯罪。
主观故意：
- 主观故意也是判断刑事责任的关键因素。如果是出于过失或误解而虚开发票，且没有非法牟利的目的，可能会从轻处理或不被追究刑事责任。但如果是故意虚开，且存在非法牟利的目的，则可能面临更严厉的刑事处罚。
及时纠正错误：
- 虚开发票后能够及时纠正错误，主动补缴税款和滞纳金，配合税务机关的调查处理，有助于减轻处罚。这体现了行为人的悔过态度和对法律的尊重，法院在判决时可能会予以考虑。
三、法律建议
严格遵守税法规定：
- 药店作为经营主体，应严格遵守相关税法规定，确保开具和接收的发票都是真实、合法、有效的。这是避免虚开发票风险的基础。
加强内部控制和审计机制：
- 药店应建立健全的财务管理制度，加强内部控制和审计机制，及时发现和纠正任何可能的违规行为。这有助于降低税务风险，保障企业的稳健发展。
及时咨询法律专业人士：
- 如果药店对发票管理存在疑问或涉及法律纠纷，应及时咨询法律专业人士，如我这样的专业律师，以获取准确的法律意见和指导。这有助于药店更好地应对法律风险，维护自身合法权益。
综上所述，药店虚开发票不一定会坐牢，但确实存在法律风险。在处理相关事务时，药店应充分了解法律规定，确保合规操作，避免触犯法律红线。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。