针对虚开普通发票15万元、数量55份且部分被抵扣的情况，已达到刑事立案标准，公安机关应当立案侦查。具体分析如下：

1. 立案标准依据
   根据《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）的补充规定》第二条，虚开发票案的立案标准为：

   • 虚开发票金额累计在40万元以上，或
     
   • 虚开发票100份以上，或
     
   • 5年内因虚开发票受过行政处罚2次以上又虚开发票的。
     虽本案中金额（15万元）和份数（55份）未单独达到上述标准，但若存在“其他严重情节”（如部分发票被抵扣导致国家税款损失），仍可能被认定为刑事犯罪。

2. “被抵扣”的定性影响

   • 若虚开的普通发票被用于抵扣税款（如通过伪造“货物运输业增值税专用发票”等可抵扣凭证），可能涉嫌虚开增值税专用发票罪（刑法第二百零五条），该罪立案标准更低（如虚开税款数额1万元以上）。
     
   • 即使未构成增值税专用发票犯罪，普通发票被抵扣的行为可能被认定为“情节严重”，从而触发虚开发票罪的立案追诉。

3. 实务中的综合判断
   公安机关在立案时会综合考量：

   • 虚开发票的具体用途（是否实际造成国家税款损失）；
     
   • 行为人的主观恶性（如是否为逃避税收监管而故意虚开）；
     
   • 是否存在其他违法犯罪行为（如与受票方共谋骗税）。
     若存在上述情形，即使金额或份数未达标准，也可能以“其他严重情节”立案。

建议：

• 立即停止虚开行为，主动向税务机关补缴税款及滞纳金；
  
• 配合公安机关调查，如实说明情况以争取从宽处理；
  
• 咨询专业律师评估具体风险，制定辩护策略（如争取认定为行政违法而非刑事犯罪）。
  

如有进一步疑问，可直接向我提问，我会结合具体案情为您详细分析。