结论：起诉欠款公司后，是否影响执行不能仅依据欠款公司的注册资金来判断，还需综合考虑多种因素。但一般来说，即使欠款公司注册资金只有5万，欠款9万，在符合执行条件的情况下，法院仍会依法执行。

分析如下：

1. 注册资金与执行的关系：

   • 注册资金是公司设立时股东认缴的出资额，它反映了公司初始的资本规模，但并不直接决定公司的实际财产状况。
   • 在执行过程中，法院关注的是被执行人（即欠款公司）的实际财产状况，包括但不限于银行存款、房产、车辆、设备等，而不仅仅是注册资金。

2. 执行条件：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，执行的前提是存在有效的法律文书（如判决书、裁定书等），且被执行人未履行该法律文书所确定的义务。
   • 在您的情况下，如果已经获得了法院关于欠款公司应支付9万元欠款的判决书或裁定书，且欠款公司未履行该义务，那么您就可以向法院申请执行。

3. 执行过程中的财产调查：

   • 在执行过程中，法院会依法对欠款公司的财产进行调查，包括查询其银行账户、房产登记、车辆登记等信息。
   • 如果欠款公司有可供执行的财产，法院将依法进行查封、扣押、冻结等措施，并拍卖或变卖这些财产以清偿债务。

4. 注册资金不足的影响：

   • 如果欠款公司的注册资金确实只有5万，且其实际财产也不足以清偿9万元的债务，那么这可能会影响到执行的效果。
   • 在这种情况下，您可能需要考虑其他执行措施，如申请将欠款公司列为失信被执行人、限制其高消费等，以对其施加压力促使其履行义务。
   • 同时，您也可以关注欠款公司是否有其他未纳入执行范围的财产或收入来源，如应收账款、投资收益等，并申请法院进行执行。

5. 特殊情况下的处理：

   • 如果欠款公司确实没有可供执行的财产，且符合《中华人民共和国民事诉讼法》中关于终结本次执行程序的规定，法院可能会裁定终结本次执行程序。
   • 但终结本次执行程序并不意味着债务的消灭，一旦发现欠款公司有可供执行的财产，您可以随时向法院申请恢复执行。

建议：

• 在起诉前，尽量收集欠款公司的财产信息，以便在执行过程中能够迅速定位并查封其财产。
• 在执行过程中，积极配合法院的工作，提供必要的协助和信息。
• 如果发现欠款公司有转移、隐匿财产等行为，及时向法院报告并申请采取相应的措施。

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