关于设施农业用地备案中的复垦费是否由村集体缴纳的问题，这并非一个绝对固定的答案，而是需要根据具体情况和当地政策来确定。以下是我从不同角度为你进行的分析：
政策规定角度：
- 设施农业用地备案及复垦费用的缴纳，往往受到地方性政策、规章或规范性文件的调整。不同地区可能根据自身的土地资源状况、农业发展规划以及财政状况，制定了不同的规定。
- 因此，要确定复垦费是否由村集体缴纳，首先需要查阅并理解当地的相关政策文件。这些文件通常会明确规定复垦费的缴纳主体、缴纳标准以及缴纳方式等。
合同约定角度：
- 在设施农业用地备案过程中，村集体与用地单位（如农业企业、合作社等）之间通常会签订用地合同或协议。
- 合同中可能会明确约定复垦费的缴纳责任。如果合同中有明确规定，那么双方应按照合同约定执行。
实际情况角度：
- 即使政策或合同中没有明确规定复垦费的缴纳主体，也需要考虑实际情况。例如，如果村集体经济实力较强，且愿意承担复垦费用以支持农业发展，那么村集体可能会主动缴纳。
- 另一方面，如果用地单位是复垦的主要受益者，且具备缴纳能力，那么用地单位也可能会被要求缴纳复垦费。
法律建议：
- 如果你作为村集体成员或相关利益方，对设施农业用地备案中的复垦费缴纳问题存在疑问，我建议你首先查阅当地的相关政策文件，了解具体的规定和要求。
- 同时，你也可以与用地单位进行沟通协商，明确双方在复垦费用缴纳方面的责任和义务。
- 如果协商不成或存在争议，你可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师（比如我，王利云律师，专注于房产纠纷等领域），以维护自身的合法权益。
可能后果：
- 如果复垦费未按照规定或约定缴纳，可能会导致设施农业用地备案无法顺利完成，进而影响农业项目的正常进行。
- 在极端情况下，如果复垦费长期未缴纳且无法达成解决方案，可能会引发法律纠纷或行政处罚等后果。
综上所述，设施农业用地备案中的复垦费是否由村集体缴纳，需要根据具体情况和当地政策来确定。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。