在商业特许合同纠纷中，首先适用的法律是《中华人民共和国民法典》中关于合同的相关规定，特别是其中关于特许经营合同的具体条款（如有），同时还会结合《商业特许经营管理条例》等行政法规进行综合判断。以下是对这一问题的详细分析：
《中华人民共和国民法典》的适用：
- 合同基本原则：商业特许合同作为一种合同形式，首先受到《民法典》中合同编基本原则的调整，如平等、自愿、公平、诚实信用等原则。
- 特许经营合同条款：若《民法典》合同编中有关于特许经营合同的专门条款，这些条款将直接适用于商业特许合同纠纷。这些条款可能涉及合同的成立、效力、履行、变更、转让、终止以及违约责任等方面。
《商业特许经营管理条例》的适用：
- 行政法规的补充：除了《民法典》外，《商业特许经营管理条例》作为专门规范商业特许经营活动的行政法规，对商业特许合同的签订、履行、管理等方面做出了具体规定。
- 纠纷解决依据：在商业特许合同纠纷中，若《民法典》的相关规定较为原则性或不够具体，可以参照《商业特许经营管理条例》中的具体规定进行裁判。例如，该条例可能规定了特许人应具备的条件、特许经营合同的必备条款、信息披露义务等，这些都可以作为解决纠纷的依据。
其他相关法律法规的适用：
- 消费者权益保护法：如果商业特许合同纠纷涉及消费者权益保护问题，如特许人欺诈消费者、虚假宣传等，还可能适用《中华人民共和国消费者权益保护法》的相关规定。
- 反不正当竞争法：若纠纷涉及不正当竞争行为，如特许人利用特许经营进行垄断或限制竞争等，还可能适用《中华人民共和国反不正当竞争法》的相关规定。
在处理商业特许合同纠纷时，建议采取以下步骤：
- 审查合同条款：首先仔细审查商业特许合同的条款，了解双方的权利义务、违约责任等约定。
- 收集证据材料：收集与纠纷相关的证据材料，如合同文本、付款凭证、沟通记录等，以证明自己的主张。
- 咨询专业律师：在纠纷处理过程中，及时咨询专业律师的意见，了解自己的法律权益和可能的法律后果。
- 协商或诉讼解决：根据纠纷的具体情况，可以选择与对方协商解决或向法院提起诉讼。在诉讼过程中，要充分利用法律武器维护自己的合法权益。
最后需要强调的是，商业特许合同纠纷的处理需要综合考虑多个方面的因素，包括合同条款、法律法规、证据材料等。因此，在处理此类纠纷时，建议寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保障。如果你有任何关于商业特许合同纠纷的法律问题，可以直接向我咨询。