单位发文将两个二级机构合并，在符合法定程序和条件的情况下是有效力的。以下从不同角度为您详细分析：

一、合并的合法性基础

1. 公司内部决策程序：

   • 根据《中华人民共和国公司法》及相关规定，公司合并属于重大事项，通常需要经过公司董事会或股东会的决议。对于单位内部的二级机构合并，虽然可能不直接涉及公司法层面的股东会或董事会决议，但应当遵循单位内部的决策程序，如通过单位领导班子会议、职工代表大会等形式进行决策，并确保决策过程的合法性和合规性。

2. 合并协议的签订：

   • 如果合并涉及两个独立法人实体（如两个子公司或分支机构）之间的合并，那么需要签订合并协议，明确合并的方式、条件、程序以及合并后各方的权利义务等。对于单位内部的二级机构合并，虽然可能不涉及独立法人之间的合并协议，但建议通过书面文件（如合并决定、合并方案等）明确合并的具体安排和后续处理事宜。

二、合并的效力认定

1. 对内效力：

   • 合并决定一旦作出并经过适当程序确认，即对单位内部产生约束力。两个二级机构应按照合并决定的要求，进行资产、负债、人员等方面的整合，确保合并的顺利进行。同时，合并决定也可能涉及员工岗位调整、薪酬变化等事项，这些都需要在合并过程中妥善处理，以维护员工的合法权益。

2. 对外效力：

   • 合并后的单位或机构应依法办理相关的变更登记手续，如工商变更登记、税务变更登记等，以确保其对外法律地位的合法性。同时，合并也可能涉及与外部合作伙伴、客户等的关系调整，单位应及时通知相关方，并按照合并决定的要求履行相关义务，以维护良好的商业信誉和合作关系。

三、可能面临的法律风险及防范

1. 程序瑕疵风险：

   • 如果合并决定未经过适当的决策程序或未签订合并协议（如涉及独立法人合并时），可能导致合并的效力受到质疑。因此，单位在作出合并决定前，应确保决策程序的合法性和合规性，并在必要时签订合并协议以明确各方权利义务。

2. 员工权益保护风险：

   • 合并过程中可能涉及员工岗位调整、薪酬变化等事项，如果处理不当可能引发劳动争议。因此，单位在合并过程中应充分尊重员工的知情权、参与权等合法权益，与员工进行充分沟通并协商解决方案，以确保合并的顺利进行和员工的稳定。

3. 外部关系调整风险：

   • 合并可能涉及与外部合作伙伴、客户等的关系调整，如果处理不当可能影响单位的商业信誉和合作关系。因此，单位在合并过程中应及时通知相关方并履行相关义务，以维护良好的外部关系。

建议：单位在作出合并决定前，应充分了解相关法律法规和政策要求，确保决策程序的合法性和合规性；在合并过程中，应妥善处理员工权益保护和外部关系调整等事项；合并完成后，应及时办理相关的变更登记手续以确保对外法律地位的合法性。如果您在合并过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。