针对您提出的“将有国有土地证而没有办理房产证的屋顶出租给光伏公司安装光伏发电是否合法”的问题，以下是我的详细解答：
一、合同层面的合法性分析
租赁合同的有效性：
- 首先，您需要确认与屋顶的“实际使用人”或“有权处分人”（在缺乏房产证的情况下，可能是土地使用权人或经过授权的管理者）签订了合法有效的租赁合同。
- 合同中应明确租赁范围（具体指明屋顶的位置、面积等）、租赁期限、租金支付方式以及双方的权利义务，特别是关于屋顶使用、改造及光伏设备安装的具体条款。
- 确保合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗。
合同条款的明确性：
- 合同中应明确允许在屋顶安装光伏设备，并约定相关的责任、义务和权益分配。
- 若合同中未明确提及，则需进一步分析当地法律法规及政策要求，以确认是否允许此类安装行为。
二、建设审批层面的合法性分析
规划许可的获取：
- 安装光伏设施需符合当地城乡规划和建设要求。由于屋顶缺乏房产证，您可能需要向当地规划部门提供额外的证明材料，如土地使用权证、建设规划许可证（如适用）等，以证明您对屋顶的合法使用权及安装光伏的合规性。
- 向规划部门咨询并办理相关审批手续，确保安装行为获得合法许可。
安全与质量标准的遵守：
- 光伏设备的安装必须符合国家和地方的安全与质量标准。
- 选择具备相应资质的安装企业，并确保光伏设备通过质量检测。
- 施工过程中应遵循规范，确保光伏设施安全运行，避免对屋顶及周边环境造成损害。
三、其他关键层面的考量
电力接入与并网手续：
- 安装光伏系统后，若需将电力接入电网，需按国家规定向当地供电企业提出申请，并办理并网手续。
- 供电企业将对光伏系统进行验收，验收合格后方可正式并网运行。
环保要求的满足：
- 光伏项目的建设和运营应符合环保要求，不得对周边环境造成污染或破坏。
- 采取相应环保措施，如使用环保材料、合理处理废弃物等，确保设备生产、安装及退役处理等环节均符合环保标准。
屋顶实际情况的评估：
- 在安装前，需评估屋顶的结构、承重能力等，确保安装光伏设备不会对房屋造成损害。
- 与屋顶的“实际使用人”或“有权处分人”进行充分沟通，明确双方权利义务，确保合作顺利。
四、综合建议
- 在租赁屋顶安装光伏前，务必全面了解并遵守当地法律法规、政策及规划要求，特别是关于屋顶使用权、建设审批、安全与质量标准等方面的规定。
- 建议咨询专业律师或相关部门，以确保合规性并规避潜在法律风险。律师可以帮助您审查租赁合同、提供法律意见，并协助您办理相关审批手续。
- 与屋顶的“实际使用人”或“有权处分人”签订详细、合法的租赁合同，明确双方权利义务及违约责任。
- 选择具备资质的安装企业，确保光伏设备质量及施工安全。
- 关注环保要求，采取必要措施保护周边环境。
综上所述，将有国有土地证而没有办理房产证的屋顶出租给光伏公司安装光伏发电的合法性取决于多个因素的综合考量。在安装前，您应进行全面的法律分析和风险评估，确保合规性并规避潜在的法律风险。