关于咖啡店员工是否是个体被雇者（即是否与咖啡店存在劳动关系）的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况来判断。
首先，我们要明确的是，成为咖啡店的合伙人并不必然意味着与咖啡店之间不存在劳动关系。这取决于多个因素，包括双方是否有建立劳动关系的合意、是否存在用工的事实、是否具备建立劳动关系的主体资格，以及是否存在人身隶属性、经济从属性等。
建立劳动关系的合意：
- 如果员工在入职时与咖啡店签订了劳动合同，明确约定了双方的劳动权利义务，这体现了双方建立劳动关系的合意。
- 即便员工后来与咖啡店的经营者签订了合伙协议，但如果合伙协议并未否定员工与咖啡店之间的劳动关系，那么劳动关系仍然可能存在。
用工的事实：
- 员工是否实际在咖啡店工作，接受咖啡店的管理和安排，这是判断劳动关系是否存在的重要依据。
- 如果员工的工作岗位和内容在签订合伙协议前后未发生实质变化，且仍需服从咖啡店的安排，那么这表明双方存在管理与被管理的人身隶属性。
经济从属性：
- 咖啡店是否根据劳动合同约定的工资标准，按月向员工支付工资，这是判断经济从属性的关键。
- 如果员工除了获得分红外，还按月领取与咖啡店其他劳动者无本质区别的工资，那么这表明双方存在经济上的依赖性。
具体案例分析：
以重庆市第二中级人民法院审结的一起劳动争议案件为例，刘某与奶咖店签订了劳动合同，担任店长职务。后来，刘某与奶咖店的经营者签订了合伙协议，成为合伙人。但法院在审理时认为，刘某作为劳动者通过劳动获取报酬与其作为合伙人分享利润、承担亏损并不冲突，双方具有劳动关系的实质特征。因此，法院支持了刘某主张奶咖店违法解除劳动合同赔偿金的请求。
结论与建议：
- 咖啡店员工是否是个体被雇者（即是否存在劳动关系），需要根据具体情况综合判断。
- 如果员工与咖啡店之间存在建立劳动关系的合意、用工的事实以及人身隶属性、经济从属性等特征，那么双方很可能存在劳动关系。
- 如果员工对自身的劳动关系状态存在疑问或争议，建议及时咨询劳动法律专业人士或向劳动监察部门反映情况，以维护自身合法权益。