公积金贷款逾期90天以上是包括三期的。具体分析如下：

1. 公积金贷款逾期天数的计算方式
   公积金贷款的逾期天数通常按自然日连续计算，从还款日次日开始累计。例如，若某期还款日为1月1日，则从1月2日起算逾期天数，至4月1日即满90天。

2. “三期”与“90天”的对应关系
   公积金贷款的“一期”通常指一个还款周期（如每月一期）。若每期间隔30天，则三期对应约90天。但需注意：

   • 实际天数可能因月份差异略有浮动（如2月仅28天），但银行或公积金中心一般按合同约定的还款日计算，只要累计逾期满90个自然日即符合条件。
     
   • 合同条款优先：部分贷款合同可能明确约定“逾期三期即视为90天以上”，此时以合同为准。

3. 法律后果的触发条件
   根据《住房公积金管理条例》及贷款合同约定，逾期90天以上通常构成严重违约，可能引发以下后果：

   • 公积金中心或银行有权宣布贷款提前到期，要求一次性偿还剩余本金、利息及罚息；
     
   • 逾期记录将上报央行征信系统，影响个人信用；
     
   • 可能面临法律诉讼或资产处置（如抵押房产被拍卖）。

建议：若已发生逾期，应尽快与公积金中心或贷款银行沟通，协商还款计划或申请延期，以减少对信用的影响。如有进一步法律问题，可直接向我咨询。