公积金贷款逾期率的计算并非仅以3期以上逾期为标准，实际上，贷款机构在评估和管理逾期风险时，会关注所有期数的逾期情况，只是对于不同期数的逾期，采取的管理措施和重视程度可能有所不同。

从您提供的参考信息中，我们可以看到喀什地区住房公积金管理中心莎车县管理部在应对贷款逾期率上升时，采取了“关注1期、严防2期、狠抓3期以上”的策略。这表明，该管理部对1期、2期以及3期以上的逾期都给予了关注，并针对不同期数的逾期采取了相应的催收措施。这说明，1期和2期的逾期虽然可能没有3期以上逾期那么严重，但同样是被纳入管理和催收范围的。

另外，广元市住房公积金个人住房贷款实施细则中也提到了对借款人信用风险等级的界定，其中明确指出近5年内连续逾期6期及以上或累计逾期12期及以上的情况，将不受理公积金贷款申请。这进一步说明了贷款机构对逾期情况的重视，并非仅关注3期以上的逾期。

因此，公积金贷款逾期率的计算和管理是一个全面、细致的过程，贷款机构会关注所有期数的逾期情况，并根据不同期数的逾期采取相应的管理措施。对于借款人来说，按时还款是维护个人信用和避免额外费用的重要方式，无论逾期期数多少，都应尽量避免。