针对您提出的“运输废旧电动车电池，交通运输局会如何处罚”的问题，以下是我根据相关法律法规和实际案例为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，废旧电动车电池，特别是锂电池，由于含有重金属、多环芳烃等有毒有害物质，被归类为危险废物。因此，其收集、贮存、运输、处置等全流程均需严格遵守《中华人民共和国固体废物污染环境防治法》、《道路危险货物运输管理规定》等相关法律法规。
一、处罚依据
交通运输局在查处违规运输废旧电动车电池时，主要依据的是《道路危险货物运输管理规定》。该规定明确指出，未取得道路危险货物运输许可，擅自从事道路危险货物运输的，将面临严厉的处罚。
二、处罚措施
罚款：根据违规情节的严重程度，交通运输局有权对违规运输者处以罚款。罚款金额通常根据违规行为的性质、后果以及违规者的主观恶意程度等因素综合确定。例如，在您提到的重庆交通执法总队的案例中，驾驶员因违规运输锂电池被罚款10000元。
扣押车辆：对于违规运输的车辆，交通运输局有权依法进行扣押，直至违规者纠正违规行为并接受相应处罚。
其他行政处罚：除了罚款和扣押车辆外，交通运输局还可能根据违规情节的严重程度，对违规者采取其他行政处罚措施，如警告、责令停业整顿、吊销道路运输经营许可证等。
三、合规建议
为了避免因违规运输废旧电动车电池而受到处罚，我建议您：
了解并遵守相关法律法规：在从事废旧电动车电池运输业务前，务必详细了解并遵守《中华人民共和国固体废物污染环境防治法》、《道路危险货物运输管理规定》等相关法律法规。
取得相应资质：确保您的运输车辆和驾驶员具备从事道路危险货物运输的资质和条件。这包括取得道路危险货物运输经营许可证、配备专业的危险货物运输车辆和驾驶员等。
建立完善的管理制度：建立完善的管理制度，包括危险废物收集、贮存、运输、处置等全流程的管理台账和应急预案等，以确保运输过程的安全性和合规性。
加强培训和教育：定期对驾驶员和工作人员进行危险货物运输相关法律法规和安全知识的培训和教育，提高他们的安全意识和合规意识。
综上所述，运输废旧电动车电池必须严格遵守相关法律法规和规定，否则将面临严厉的处罚。希望以上解答能对您有所帮助。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询。