对于非法运营首次处罚是否没收违法所得的问题，结论如下：
非法运营首次处罚时，若存在违法所得，是会被没收的。根据《中华人民共和国道路运输条例》的相关规定，对于未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的行为，县级以上地方人民政府交通运输主管部门或道路运输管理机构将责令停止经营，并根据违法所得情况处以相应罚款。若存在违法所得，无论金额大小，都将被依法没收。
具体处罚幅度会因违法所得的有无及多少而有所不同：
- 有违法所得的情况：若违法所得超过一定金额（如道路普通货物运输经营违法所得超过1万元，道路客运经营或道路危险货物运输经营违法所得超过2万元），则除了没收违法所得外，还将处以违法所得2倍以上10倍以下的罚款。
- 没有违法所得或违法所得较少的情况：若没有违法所得或违法所得不足上述金额，则处以3万元以上10万元以下的罚款。
详细分析：
法律依据：
- 《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条明确规定了对非法营运行为的处罚措施，包括责令停止经营、没收违法所得、罚款等。这些规定适用于所有非法营运行为，无论首次还是多次。
实际执法中的考量：
- 在实际执法过程中，各地交通运输主管部门或道路运输管理机构会根据具体案件情况，综合考虑非法营运的情节、危害后果等多种因素，在法定的处罚幅度内作出具体的处罚决定。这意味着，虽然法律规定了明确的处罚范围，但实际处罚可能会因案情差异而有所不同。例如，部分地区可能存在轻微违法行为免罚或者从轻处罚的规定，但这并不意味着第一次非法营运就可以免于处罚或不被没收违法所得。
法律责任与后果：
- 非法营运不仅可能面临经济上的处罚，还可能涉及刑事责任。如果非法营运行为情节严重，构成犯罪的（如造成重大交通事故等），将依法追究刑事责任。此外，非法营运还可能对乘客的安全和市场秩序造成严重威胁，缺乏合法监管的非法营运车辆往往存在安全隐患，如车辆状况不佳、驾驶员资质不足等，这些都可能导致交通事故的发生，危及乘客的生命财产安全。
建议与提醒：
- 为了避免不必要的法律风险和经济损失，建议从事道路运输经营活动的个人或企业务必先取得相应的道路运输经营许可。合法经营不仅是对自身权益的保障，也是对公共安全和社会秩序的尊重。
- 如果您或您身边的人涉及非法营运行为，建议尽快咨询专业律师（即我本人，时亚晴律师），了解相关法律规定和可能的法律后果，以便及时采取措施维护自己的合法权益。
总之，非法运营首次处罚时，若存在违法所得，是会被没收的。具体处罚幅度会因违法所得的有无及多少而有所不同。因此，建议相关从业者严格遵守相关法律法规，确保经营活动的合法性和安全性。