针对你提出的问题，即二年前确诊生殖疱疹，二年后嫖娼造成他人感染，司法机关如何认定犯罪，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确的是，嫖娼行为本身在我国是违法的，不仅可能涉及治安处罚，还可能触犯刑法中的相关规定。而在此基础上，如果你明知自己患有生殖疱疹等性传播疾病，仍然进行嫖娼行为，并导致他人感染，那么这一行为就可能构成犯罪。
具体来说，司法机关在认定此类犯罪时，会综合考虑以下几个方面：
主观故意：你是否明知自己患有性传播疾病，并且故意通过嫖娼行为传播给他人。这是认定犯罪的关键要素之一。如果你并不知情，或者虽然知情但采取了必要的防护措施以避免传播，那么可能不构成犯罪。
客观行为：你确实实施了嫖娼行为，并且这一行为导致了他人感染性传播疾病。这需要有确凿的证据来证明，如医学检测报告、证人证言等。
法律后果：你的行为是否对他人的身体健康造成了严重损害。如果感染导致了严重的健康后果，如不孕不育、器官功能衰竭等，那么你可能面临更严重的法律责任。
在司法实践中，此类行为可能涉嫌的罪名包括传播性病罪等。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，明知自己患有梅毒、淋病等严重性病而卖淫、嫖娼的，处五年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金。
因此，如果你二年前确诊生殖疱疹，二年后嫖娼造成他人感染，司法机关在认定犯罪时，会综合考虑你的主观故意、客观行为以及法律后果。如果证据确凿，你很可能面临刑事责任的追究。
最后，我强烈建议你立即停止任何违法活动，并尽快寻求专业的法律咨询和帮助。如果你有任何法律问题或疑问，可以直接向我提问，我会尽力为你提供准确的法律解答和建议。