农民专业合作社是法人。这一结论主要基于以下几点详细解释：

首先，从法律层面来看，《农民专业合作社法》明确规定，农民专业合作社依照本法登记，取得法人资格。这一法律条款直接赋予了农民专业合作社法人地位，使其能够作为独立的市场主体参与经济活动，享有相应的权利和承担相应的义务。

其次，农民专业合作社作为一种全新的经济组织形态，既不同于以公司为代表的企业法人，也不同于社会团体法人，更不是个人合伙或者合伙企业。它是在农村家庭承包经营基础上，由同类农产品的生产经营者、同类农业生产经营服务的提供者和利用者自愿联合、民主管理的互助性经济组织。这种组织形态具有其独特性和创新性，因此需要专门的法律来规范其设立、运行和管理。

再者，农民专业合作社的法人地位也体现在其财产权制度上。根据法律规定，农民专业合作社对由成员出资、公积金、国家财政直接补助、他人捐赠以及合法取得的其他资产所形成的财产，享有占有、使用和处分的权利，并以上述财产对债务承担责任。这种财产权制度确保了农民专业合作社的独立性和稳定性，为其作为法人参与经济活动提供了坚实的物质基础。

此外，农民专业合作社的民主管理机制也是其法人地位的重要体现。合作社在决策机制上实行一人一票制，成员各享有一票的基本表决权，这有效地实现了农民作为主体对组织的控制。这种民主管理机制不仅保护了农民成员的合法权益，也促进了合作社的健康发展。

最后，虽然在实际操作中，由于农民专业合作社的特殊性，工商部门对其登记可能存在一定的困难，有的登记为企业法人，有的登记为其他机构，但这并不影响其法人地位的法律认定。随着相关法律法规的不断完善和执法实践的深入，这一问题也将逐步得到解决。

综上所述，农民专业合作社是法人，这一结论具有明确的法律依据和现实基础。