在民间借贷案件中，如果原告提供了借条和转款凭证，而被告抗辩已经偿还了借款，那么根据法律规定，被告需要承担证明其已经偿还借款的举证责任。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据：

   • 《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第十六条明确规定：“原告仅依据借据、收据、欠条等债权凭证提起民间借贷诉讼，被告抗辩已经偿还借款，被告应当对其主张提供证据证明。”
   • 《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十条也规定：“当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实，应当提供证据加以证明。”

2. 举证责任分配：

   • 原告作为出借人，已经提供了借条和转款凭证，初步证明了借贷关系的存在以及款项的交付。
   • 被告作为借款人，如果抗辩已经偿还借款，则需要提供相应的证据来支持其主张，如收据、转账记录等。

3. 法院审理原则：

   • 法院在审理此类案件时，会遵循“谁主张谁举证”的原则，即被告需要对其抗辩主张承担举证责任。
   • 如果被告无法提供充分的证据来证明其已经偿还借款，那么法院一般会认定被告的证据不足，判决其败诉。

4. 实际案例：

   • 以山东法院的一个典型案例为例，原告仅依据金融机构的转账凭证提起民间借贷诉讼，被告抗辩转账系偿还双方之前借款。在这种情况下，法院要求被告对其抗辩主张提供证据证明。由于被告无法证明其占有涉案款项系偿还双方之前借款，因此法院最终认定双方借贷关系成立，并判决被告对涉案款项承担还款责任。

综上所述，如果被告抗辩已经偿还了借款，那么他需要承担证明其已经偿还借款的举证责任。如果无法提供充分的证据来支持其主张，那么法院一般会认定被告的证据不足，判决其败诉。因此，在民间借贷案件中，证据的收集和保留对于维护自身权益至关重要。