结论：没有结婚证的情况下，男方出轨所写的协议是否有效，需根据协议的具体内容、签订目的及双方的真实意愿等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行分析：

一、协议内容与性质

1. 若协议涉及忠诚义务或赔偿条款：

   • 在没有结婚证的情况下，双方并未形成法律上的婚姻关系，因此忠诚义务并非法定。但若双方自愿签订协议，约定一方出轨需承担某种责任（如赔偿精神损失费等），这种约定在法律上可能被视为一种民事合同。
   • 有效性判断：需看协议内容是否违反法律强制性规定或公序良俗。若协议内容合法且双方自愿签订，通常具有法律效力。但需注意，赔偿金额应合理，不得过高或过低，否则可能因显失公平而被法院调整或撤销。

2. 若协议涉及财产分割或子女抚养：

   • 由于双方未办理结婚登记，不存在法律上的夫妻共同财产和共同子女抚养权问题。但若协议中涉及双方共同生活期间的财产分割或非婚生子女的抚养问题，这种约定在法律上可能被视为一种附条件的赠与或抚养协议。
   • 有效性判断：需看协议是否明确、具体，且双方是否自愿签订。若协议内容合法且双方意思表示真实，通常具有法律效力。但需注意，财产分割协议不得损害第三人的合法权益，子女抚养协议需符合子女的最佳利益原则。

二、签订目的与真实意愿

1. 签订目的：

   • 若协议签订的目的是为了维护双方的感情稳定或约束双方的行为，这种目的在法律上通常是被认可的。但若签订目的是为了非法目的（如敲诈勒索等），则协议无效。

2. 真实意愿：

   • 协议的有效性还取决于双方签订时的真实意愿。若一方是在被胁迫、欺诈或重大误解的情况下签订协议，该协议可能因缺乏真实意愿而被撤销。

三、法律建议

1. 明确协议内容：

   • 在签订协议前，双方应明确协议的具体内容、目的和法律后果。建议咨询专业律师，以确保协议内容合法、有效且符合双方的真实意愿。

2. 保留证据：

   • 若协议涉及赔偿或财产分割等条款，双方应保留相关证据（如转账记录、财产证明等），以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。

3. 考虑法律后果：

   • 在签订协议前，双方应充分考虑协议可能带来的法律后果。若协议内容违法或显失公平，可能导致协议无效或被撤销，从而给双方带来不必要的法律风险。

总结：没有结婚证的情况下，男方出轨所写的协议是否有效需根据具体情况综合判断。若协议内容合法、双方自愿签订且目的正当，通常具有法律效力。但若协议内容违法、显失公平或缺乏真实意愿，则可能无效或被撤销。因此，在签订此类协议前，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。