结论是：贪污案件中，即使行为人已经交了罚款，赃款仍然可能会被没收。以下从几个方面进行详细分析：
一、法律条款依据
根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定：“犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。”这一条款明确规定了对于犯罪分子违法所得的财物，应当予以追缴或没收，这是法律对赃款处理的基本原则。
二、罚款与没收赃款的区别
罚款：通常指的是行政处罚中的罚款，或者在某些刑事案件中作为附加刑的罚金。它是对犯罪分子经济上的一种惩罚，旨在通过经济手段制裁犯罪行为。
没收赃款：则是对犯罪分子违法所得的直接追缴，目的是恢复被犯罪行为破坏的经济秩序，防止犯罪分子从犯罪中获利。没收赃款并不依赖于是否已经缴纳了罚款或罚金，而是基于犯罪行为的违法性和赃款的非法性。
三、贪污案件中罚款与没收赃款的关系
在贪污案件中，即使行为人已经缴纳了罚款或罚金，这并不影响对其违法所得的赃款进行没收。因为罚款或罚金是对犯罪行为的惩罚，而没收赃款是对违法所得的追缴，两者性质不同，互不影响。此外，如果赃款已经被挥霍或无法追回，犯罪分子还可能需要承担退赔的责任。
四、实际操作中的考虑
在实际操作中，法院会根据案件的具体情况，如犯罪行为的性质、情节、后果以及犯罪分子的认罪态度、退赔情况等因素，综合判断是否需要没收赃款以及没收的具体数额。如果犯罪分子能够积极退赔赃款，法院可能会在量刑时予以考虑，但这并不意味着可以免除没收赃款的责任。
五、建议
对于涉及贪污案件的犯罪分子及其家属来说，应当明确罚款与没收赃款的区别，不要误以为缴纳了罚款就可以免除没收赃款的责任。同时，在案件处理过程中，应当积极配合司法机关的工作，如实供述犯罪事实，积极退赔赃款，以争取从轻或减轻处罚。
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