公正函查询存款中的关系证明，在符合法定条件和程序的情况下，通常是有效的。以下从几个方面进行详细分析：
一、公正函的法律效力
公正函，通常指的是由公证机构出具的公证书或相关证明文件。公证机构是依法设立，独立行使公证职能、承担民事责任的证明机构。根据《中华人民共和国公证法》的规定，公证机构出具的公证书，在法律上具有特定的证明效力，包括证据效力、强制执行效力等。因此，如果公正函是依法出具，且内容真实、合法，那么它在法律上是被认可的。
二、关系证明在查询存款中的有效性
在查询存款的情境中，关系证明通常用于证明查询人与存款人之间的法律关系，如亲属关系、继承关系、债权债务关系等。这种证明的有效性取决于多个因素：
证明内容的真实性：关系证明必须真实反映查询人与存款人之间的法律关系，不能虚构或伪造。如果证明内容不真实，那么该证明在法律上将是无效的。
证明形式的合法性：关系证明必须符合法律规定的形式要求，如需要公证的，必须经过公证机构公证。如果证明形式不合法，如未经公证的私人证明，那么其法律效力可能会受到质疑。
查询程序的合规性：即使关系证明本身有效，但如果查询存款的程序不合法，如未经存款人同意或未经法定程序查询，那么该查询行为本身可能是违法的，关系证明的有效性也会受到影响。
三、实际应用中的注意事项
选择正规公证机构：如果需要出具公正函或关系证明，应选择具有合法资质的公证机构进行办理，以确保证明的法律效力。
核实证明内容：在接收关系证明时，应仔细核实证明内容的真实性、合法性和完整性，避免因为证明内容的问题而导致查询行为无效。
遵守查询程序：在查询存款时，应严格遵守相关法律法规和程序要求，如需要存款人同意或经过法定程序查询等，以确保查询行为的合法性。
四、特殊情况下的处理
如果关系证明存在争议或疑问，或者查询存款的程序存在瑕疵或违法行为，那么可能需要通过法律途径来解决争议或确认查询行为的合法性。在这种情况下，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
总结来说，公正函查询存款中的关系证明在符合法定条件和程序的情况下是有效的。但为了确保其法律效力，需要注意选择正规公证机构、核实证明内容以及遵守查询程序等事项。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。