关于员工旷工如何扣工资的问题，这确实是一个涉及多方面因素的复杂问题，包括公司的规章制度、劳动合同的约定以及相关法律法规等。下面，我将为您详细解答。
首先，我们要明确的是，员工旷工时，用人单位有权依据劳动合同的约定或合法的规章制度来扣减工资。但这一扣减并非随意进行，而是需要遵循一定的原则和限制。
一、扣工资的原则
按日工资扣除： 这是最常见的一种做法。公司会根据员工的月工资和月计薪天数（通常为21.75天）来计算日工资，然后按照旷工的天数来扣除相应的日工资。例如，如果员工的月工资为5000元，那么每天的日工资约为230元。若员工旷工一天，则扣除230元。
扣除全勤奖或其他奖金： 除了扣除日工资外，公司还可能根据规章制度扣除员工的全勤奖、绩效奖金等其他形式的报酬。这通常是为了激励员工遵守考勤制度。
不得超过月工资20%的限制： 根据相关法律法规，即使员工旷工给公司造成了损失，公司也不能随意扣除其全部或部分工资。每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。这是为了保护劳动者的基本生活权益。
不得低于最低工资标准： 在扣除旷工工资后，公司应确保员工实际获得的工资不低于当地最低工资标准。这是保障劳动者基本生活的重要措施，也是法律法规的明确要求。
二、公司规章制度与劳动合同的约定
查看公司规章制度： 大多数公司都会制定详细的员工手册或考勤管理制度，其中会明确规定旷工的定义、旷工的处理方式以及旷工扣工资的具体标准。员工应仔细阅读并了解这些规定，以便在发生旷工时能够明确自己的权利和义务。
审查劳动合同： 劳动合同是员工与公司之间的法律协议，其中可能包含关于旷工和工资扣除的特别约定。如果劳动合同中有明确规定，那么公司应按照合同约定执行。
三、特殊情况下的处理
连续旷工多日或累计旷工达到一定天数： 对于连续旷工超过一定期限（如15天）或一年内累计旷工时间超过一定天数（如30天）的员工，公司可能会根据规章制度采取更严厉的措施，如解除劳动合同。在这种情况下，公司通常会提前通知员工，并按照法律规定支付经济补偿金（如果适用）。
因不可抗力或紧急情况导致的旷工： 如果员工因不可抗力（如自然灾害、突发疾病等）或紧急情况无法按时出勤，并及时向公司说明情况并提供相关证明，公司通常不会视为旷工，也不会扣除工资。这是为了体现公司对员工的人文关怀和合理包容。
四、争议解决途径
如果员工认为公司扣工资不合理，首先应与公司协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在争议处理过程中，建议参考公司内部的规章制度、劳动合同条款以及相关法律法规来决定具体的扣罚方式。
综上所述，员工旷工扣工资的问题需综合考虑多方面因素。作为员工，应了解自己的权益和义务，遵守公司的考勤制度；作为公司，应制定合法合理的规章制度，并在处理旷工问题时遵循法律法规和劳动合同的约定。希望这些解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。