结论概述：关于您提到的“第一笔经济纠纷输了，第二笔经济纠纷赢了，款是否会被扣下”的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是取决于多种因素，包括两笔纠纷的性质、关联性、法院的执行措施以及您的财产状况等。下面，我将从多个角度为您详细分析。

1. 纠纷性质与关联性：

   • 如果两笔经济纠纷是独立的，即它们之间没有直接的关联，那么第一笔纠纷的败诉结果通常不会直接影响第二笔纠纷的胜诉款项。也就是说，第二笔纠纷赢了，对方应当按照判决或调解结果支付您相应的款项，这笔款项一般不会因为第一笔纠纷的败诉而被扣下。
   • 如果两笔纠纷存在某种关联，比如是基于同一合同或同一事实产生的不同诉求，那么法院在处理时可能会综合考虑两笔纠纷的情况。但即便如此，除非有明确的法律规定或法院判决要求，否则第二笔纠纷的胜诉款项通常也不会被直接扣下用于弥补第一笔纠纷的损失。

2. 法院的执行措施：

   • 在第一笔纠纷败诉后，如果对方申请了强制执行，且您有可供执行的财产，法院可能会采取查封、扣押、冻结等措施来保障对方的权益。但这些措施通常只针对与第一笔纠纷直接相关的财产。
   • 对于第二笔纠纷的胜诉款项，除非对方能够证明这笔款项与第一笔纠纷有直接关联，且法院同意将其纳入执行范围，否则一般不会被扣下。

3. 您的财产状况：

   • 如果您的财产状况良好，有足够的资产来履行第一笔纠纷的败诉判决，那么第二笔纠纷的胜诉款项通常不会受到影响。
   • 如果您的财产状况不佳，甚至已经陷入资不抵债的境地，那么法院在处理两笔纠纷时可能会更加谨慎。但即便如此，第二笔纠纷的胜诉款项也不会被随意扣下，而是会按照法律规定的程序进行分配。

4. 特殊情况：

   • 如果存在恶意逃避债务、转移财产等违法行为，法院可能会采取更加严厉的措施来保障债权人的权益。在这种情况下，您的所有财产（包括第二笔纠纷的胜诉款项）都可能面临被执行的风险。

法律建议：

• 针对您目前的情况，我建议您首先梳理清楚两笔纠纷的性质和关联性，以便更好地了解自己的权益和义务。
• 如果您担心第二笔纠纷的胜诉款项会被扣下，可以及时向法院说明情况，并提供相关证据来证明这笔款项与第一笔纠纷无直接关联。
• 同时，您也可以考虑与对方进行协商，寻求和解或调解的方式来解决两笔纠纷，以避免不必要的法律纠纷和执行风险。

后续行动建议：

• 如果您需要更具体的法律帮助或建议，比如如何准备证据、如何与对方协商等，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况提供个性化的法律服务。
• 另外，我也建议您关注自己的财产状况，确保有足够的资产来履行可能的法律义务，以避免不必要的法律风险。