若出租车司机持有效资格证撞人且被查出有案底，需分情况处理，核心结论如下：

1. 案底性质与事故责任的关联性

   • 若案底为交通肇事罪（如曾因酒驾致人重伤被判刑），根据《道路交通安全法》第101条，可能面临吊销驾驶证的处罚，且本次事故中可能被认定为“重大过失”，需承担更高比例的民事赔偿责任（如按80%-100%比例赔偿）。
     
   • 若案底为非交通类犯罪（如盗窃、诈骗等），一般不影响事故责任认定，但保险公司可能依据《保险法》第17条主张“免责条款”（如未如实告知犯罪记录），拒绝赔付商业险部分，仅在交强险范围内赔偿。

2. 行政处罚与行业准入限制

   • 根据《出租汽车驾驶员从业资格管理规定》第38条，驾驶员若存在“暴力犯罪记录”“交通肇事犯罪记录”等情形，交通运输主管部门可吊销其从业资格证，且5年内不得重新申请。
     
   • 若案底为危险驾驶罪（如醉驾），除吊销驾照外，还可能面临终身禁驾出租车的处罚（部分地区规定）。

3. 民事赔偿与保险理赔的应对

   • 民事赔偿：需赔偿受害者医疗费、误工费、残疾赔偿金等费用。若案底导致收入减少，法院可能酌情调整误工费计算标准（如按行业平均收入而非个人实际收入）。
     
   • 保险理赔：交强险部分通常需赔付（限额20万元），但商业险可能拒赔。若驾驶员未如实告知案底，保险公司可依据《保险法》第16条解除合同且不退还保费；若保险公司未尽到提示说明义务，驾驶员可主张合同有效。

4. 刑事责任风险（若构成犯罪）

   • 若本次事故造成1人死亡+负全责/主责，或3人重伤+负全责/主责，可能构成交通肇事罪，面临3年以下有期徒刑或拘役。
     
   • 若案底为累犯（如5年内再犯应判有期徒刑以上之罪），根据《刑法》第65条，可能从重处罚。

建议行动步骤：

1. 立即向交警部门提交事故认定书、驾驶证、从业资格证等材料，配合调查；
   
2. 联系保险公司，确认交强险和商业险的赔付范围及免责条款；
   
3. 若面临刑事指控，尽快委托律师介入，争取从轻情节（如自首、赔偿谅解）；
   
4. 若从业资格证被吊销，可向交通运输部门申请行政复议或提起行政诉讼（需证明案底与驾驶能力无关）。
   

如有进一步细节（如案底具体罪名、事故责任比例等），可直接向我咨询，我将结合具体证据提供法律意见。