结论前置：法定代表人在协议中签字的效力，通常代表法人意志，具有法律效力，能够对外产生法律约束力。但具体效力需结合签字行为是否在其职权范围内、是否违反法律法规或公司章程等因素综合判断。以下从多个角度详细分析：
一、法律效力基础
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第六十一条，法定代表人以法人名义从事的民事活动，其法律后果由法人承受。这确立了法定代表人签字行为的法律效果直接归属于法人的原则。
- 同时，《民法典》第四百九十条规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。签字是合同成立的有效要件之一。
代表公司意志：
- 法定代表人是依法代表法人从事民事活动的负责人，其签字行为通常被视为公司的行为，对外产生法律效力。例如，在公司签订商业合同时，法定代表人的签字即代表公司作出了签订合同的意思表示。
二、签字效力的具体情况
在职权范围内的签字：
- 若法定代表人的签字行为在其职权范围内，且符合法律法规和公司章程的规定，则该签字行为对公司具有法律约束力，如同公司亲自作出的意思表示。
- 举例：甲公司的法定代表人在一份采购合同上签字，且该采购行为在其职权范围内，则该合同对甲公司具有法律约束力。
超越职权范围的签字：
- 若法定代表人的签字行为超越其职权范围，且相对人知道或应当知道，则该行为可能对公司不发生效力。但根据《民法典》第五百零四条，若相对人善意且不知情，该签字行为仍然有效，合同对法人具有约束力，这构成表见代表。
- 举例：乙公司的法定代表人超越其职权范围，擅自以公司名义签订了一份借款合同。若相对人不知情且不应知情，则该借款合同对乙公司具有约束力。
违反法律法规或公司章程的签字：
- 即使法定代表人的签字行为看似在履行职务，但若违反法律法规的强制性规定或公司章程的限制，则该行为无效。
- 举例：丙公司的法定代表人在未经股东会决议的情况下，擅自以公司名义为他人提供担保。若该担保行为违反了公司章程或法律法规的规定，则该担保行为无效。
三、签字与其他印章或签字的关系
与公司公章：
- 公司公章与法定代表人签章同时使用可相互印证，增强文件的法律效力。但单独使用法定代表人签章，在其职权范围内也有效。
- 举例：在一份重要的商业合同中，既加盖了公司公章，又有法定代表人的签字，这增强了合同的法律效力和可信度。
与其他授权代表：
- 其他授权代表的签字在其授权范围内有效，但与法定代表人签字的区别在于授权来源。法定代表人签字基于其法定身份，而其他授权代表签字基于公司的授权。
- 举例：丁公司授权其销售经理代表公司签订销售合同。销售经理的签字在其授权范围内有效，但与法定代表人的签字在法律效果上可能存在差异，具体取决于授权的范围和性质。
四、实际应用中的注意事项
明确职权范围：
- 公司应建立健全的内部管理制度，明确法定代表人的职权范围，防止超越职权或滥用职权的情况发生。
审查合同内容：
- 在签订合同时，应仔细审查合同内容是否合法、有效，以及双方意思表示是否真实。避免因合同内容违法或意思表示不真实而导致合同无效或被撤销。
保护善意相对人利益：
- 在法定代表人超越职权范围签字的情况下，应保护善意相对人的合理信赖利益。若相对人不知情且不应知情，则该签字行为仍然有效，合同对法人具有约束力。
总结与建议：法定代表人在协议中签字的效力通常代表法人意志，具有法律效力。但具体效力需结合签字行为是否在其职权范围内、是否违反法律法规或公司章程等因素综合判断。在实际应用中，公司应建立健全的内部管理制度，明确法定代表人的职权范围，并仔细审查合同内容，以保护公司的合法权益。若你对法定代表人在协议中签字的效力仍有疑问，或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。