在撰写双方自愿办理及付费证协议书时，我们确实需要确保内容全面、条款清晰，并且充分反映双方的真实意愿。以下是一份详细的撰写指南，帮助您构建这样一份协议书：

一、标题

标题应明确反映协议的主题，例如：“双方自愿办理及付费证协议书”。

二、双方信息

在协议书的开头，应详细列出甲乙双方的姓名/名称、身份证号码/统一社会信用代码、联系方式以及住址/注册地址。这些信息对于确认双方身份和后续联系至关重要。

三、协议背景与目的

简要描述双方达成此协议的背景、原因及目的。例如，可以说明双方因某种业务需求或合作意向，自愿达成此办理及付费证协议，以明确双方的权利和义务。

四、具体事项与范围

1. 办理事项：明确双方需要共同办理的具体事项，如申请某种证书、许可或进行某种注册等。
2. 付费内容：详细列出需要付费的项目、金额、支付方式及支付时间等。确保双方对付费内容有清晰的了解，避免后续产生纠纷。
3. 期限：如果协议涉及特定的时间期限，如办理期限、付费期限等，也应在协议中明确说明。

五、权利与义务

1. 甲方权利与义务：详细列出甲方在协议中的权利，如获得证书或许可的权利；同时明确甲方的义务，如提供必要资料、配合乙方工作等。
2. 乙方权利与义务：同样地，详细列出乙方在协议中的权利，如收取费用的权利；以及乙方的义务，如按时办理、保证办理质量等。

六、违约责任及处理方式

明确双方违反协议时应承担的责任及处理方式。这可以包括违约金、赔偿损失、律师费、诉讼费等费用的承担。同时，也可以约定在不可抗力情况下的免责条款，以减轻双方的风险。

七、争议解决方式

约定争议解决的方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等。并明确具体的管辖法院或仲裁机构，以便在发生争议时能够迅速有效地解决。

八、履行条款

明确协议的履行方式、时间、地点等。例如，可以约定双方应在何时何地提交资料、进行面谈或签署文件等。

九、保密条款（如适用）

如果协议涉及商业秘密、技术秘密等敏感信息，应约定双方在合作过程中需保守的秘密事项及保密期限等。这有助于保护双方的知识产权和商业利益。

十、其他条款

根据具体情况，可添加其他必要的条款。例如，知识产权归属、不可抗力、补充协议的效力等。这些条款可以进一步明确双方的权利和义务，减少后续纠纷的可能性。

十一、签署与份数

1. 签署：双方应在协议书上签字或盖章，并注明签署日期和生效日期。确保签署过程符合相关法律法规的要求，如使用正式印章、由法定代表人或授权代表签署等。
2. 份数：说明协议一式几份，双方各执几份，以及是否需要见证方或存档方留存。这有助于确保协议的完整性和可追溯性。

十二、法律适用与管辖

明确协议适用的法律及争议解决的管辖法院或仲裁机构。这有助于确保协议的法律效力和可执行性，为双方提供法律保障。

在撰写过程中，请务必确保所有条款都符合双方的真实意愿，且内容合法合规，不违反法律法规的强制性规定和公序良俗。如有必要，建议咨询专业律师或法律机构进行审查和指导，以确保协议的合法性和有效性。