借款协议款项没还清，协议本身并不会失效。下面我从几个角度详细解释一下这个问题：

1. 协议的法律效力：

   • 借款协议一旦双方签字（或盖章）确认，即具有法律效力，对双方均产生约束力。这意味着，除非协议中明确规定了某些特定条件下协议会失效（如借款全部还清后协议自动终止等），否则，仅仅因为款项没有还清，并不会导致协议失效。

2. 协议的持续有效性：

   • 借款协议的有效期通常是由协议双方约定的，或者在没有明确约定的情况下，根据法律规定来确定。在协议有效期内，即使借款人没有按时还清全部款项，协议仍然有效，出借人仍有权依据协议要求借款人还款，并可以采取法律手段来维护自己的权益。

3. 未还清款项的法律后果：

   • 如果借款人未按照协议约定的时间和金额还款，出借人可以要求借款人承担违约责任，这可能包括支付逾期利息、违约金等。在极端情况下，如果借款人长期拖欠且拒不还款，出借人还可以通过法律途径（如起诉、申请强制执行等）来追讨欠款。

4. 协议失效的特殊情况：

   • 当然，也存在一些特殊情况可能导致借款协议失效。比如，如果协议中存在违法或违反公序良俗的条款，或者协议是在一方受到欺诈、胁迫等不正当手段下签订的，那么这些协议可能是无效的。但这种情况与款项是否还清无关，而是与协议本身的合法性有关。

建议：

• 对于出借人来说，如果借款人未按时还款，应及时与借款人沟通，了解原因并协商解决方案。如果协商无果，可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。
• 对于借款人来说，如果确实无法按时还款，应尽早与出借人沟通，说明情况并寻求延期还款或其他解决方案。避免因为拖欠款项而引发不必要的法律纠纷。

总之，借款协议款项没还清并不会导致协议失效。双方应继续履行协议中的义务，并积极寻求解决方案以避免法律纠纷。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。