在代位追偿后对方车主有异议，可按以下方式处理：

1. 核查异议内容及依据：首先，需要明确对方车主提出异议的具体内容是什么，以及其提出异议的法律依据或事实依据。这可能涉及到事故责任认定、赔偿金额计算、保险条款解释等多个方面。只有明确了异议的具体内容和依据，才能有针对性地进行回应和处理。
2. 与对方车主协商：在明确了对方车主的异议内容和依据后，可以尝试与对方车主进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。协商过程中，可以依据相关法律法规、保险合同条款以及事故实际情况进行解释和说明，以消除对方的误解或疑虑。
3. 寻求第三方调解或仲裁：如果协商无果，可以考虑寻求第三方的调解或仲裁。例如，可以向当地的保险行业协会、消费者协会等组织申请调解，或者根据保险合同中的仲裁条款，向约定的仲裁机构申请仲裁。这些第三方机构通常具有专业的知识和经验，能够更公正、客观地处理纠纷。
4. 提起诉讼：如果调解或仲裁也无法解决纠纷，那么最后的选择就是向法院提起诉讼。在诉讼过程中，需要提交相关证据材料，包括事故责任认定书、保险合同、赔偿计算依据等，以证明自己的权益和诉求。法院将根据事实和法律规定，作出公正的判决。

在处理过程中，有几点需要注意：

• 保留好相关证据：无论是协商、调解、仲裁还是诉讼，都需要有充分的证据来支持自己的主张。因此，在代位追偿过程中，一定要保留好所有相关的证据材料。
• 遵守法律程序：在处理纠纷时，一定要遵守法律程序，不要采取过激或违法的行为。否则，不仅可能无法解决问题，还可能给自己带来更大的麻烦。
• 及时咨询专业意见：如果对法律程序或相关规定不熟悉，建议及时咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供有针对性的建议和指导，帮助更好地处理纠纷。

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