合同通常设计为三份，主要是基于确保各方权益、提高合同执行效率与安全性，以及适应不同场景需求的考虑。以下是对这一问题的详细分析：
一、确保各方持有有效凭证
甲方留存：作为合同的发起方或主要责任方，甲方需要保留一份合同原件。这份合同不仅是甲方在合同履行过程中随时查阅和核对条款的依据，也是甲方在发生纠纷时的重要证据。
乙方留存：乙方作为合同的另一方，同样需要保留一份合同原件。这有助于乙方维护自身的合法权益，依据合同条款要求甲方履行义务，并在必要时通过法律途径解决争议。
第三方见证/备案：第三份合同通常用于见证或备案目的。例如，合同可能需要提交给相关政府部门或监管机构进行审批或备案，或者双方可能希望引入第三方（如律师、公证处等）对合同进行见证，以增加合同的公信力和执行力。在涉及多方合作或复杂交易结构的情况下，第三份合同还可以作为各方之间沟通协调的重要依据。
二、提高合同执行效率与安全性
便于查阅与核对：各方持有合同原件后，可以随时查阅和核对合同条款，确保自身权益不受侵害。这有助于减少因合同条款不清或误解而产生的纠纷。
增强法律效力：多份合同原件的存在可以增强合同的法律效力。在发生纠纷时，各方可以凭借手中的合同原件作为证据来支持自己的主张，提高胜诉的可能性。
防范风险：通过保留合同原件，各方可以更好地防范潜在的法律风险和商业风险。例如，在对方违约时，可以及时采取措施追究其法律责任，减少损失。
三、适应不同场景需求
简单交易：对于简单的交易或合作关系，可能只需要甲乙双方各执一份合同即可满足需求。但即便如此，为了增加合同的公信力和便于后续可能的争议解决，也可以考虑制作第三份合同用于见证或备案。
复杂交易：对于复杂的交易或合作关系（如涉及多方参与、长期履行、高额资金往来等），则更需要一式三份或多份合同来明确各方的权利和义务。这样可以确保在合同履行过程中各方都有明确的依据可循，减少因沟通不畅或理解偏差而产生的纠纷。
特殊情况说明
值得注意的是，虽然合同通常设计为三份，但并非所有合同都必须如此。合同的份数应根据合同的具体情况和当事人的需求来决定。例如，在劳动合同中，根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，劳动合同文本应由用人单位和劳动者各执一份。这意味着劳动合同至少应为一式两份，而一式三份则并非法律强制要求，而是根据用人单位的实际管理需要来决定的。
总结与建议：
合同设计为三份主要是为了确保各方权益、提高合同执行效率与安全性，以及适应不同场景需求。在实际操作中，应根据合同的具体情况和当事人的需求来确定合同的份数。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供专业的法律意见。