结论：债权债务已通过以房抵债的方式处理，在破产重整程序中是否合法，需根据具体情况判断，主要包括以房抵债协议的效力、是否损害其他债权人利益以及是否符合破产重整程序的要求。
详细分析：
以房抵债协议的效力：
- 以房抵债，本质上属于债务履行方式的变更，即债务人用其房产来抵偿债务。这种协议在双方自愿、平等、公平的基础上达成，且不违反法律、行政法规的强制性规定时，通常是有效的。
- 如果以房抵债协议存在欺诈、胁迫、恶意串通等情形，或者违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议可能被认定为无效。
是否损害其他债权人利益：
- 在破产重整程序中，所有债权人的利益都需要得到公平对待。如果以房抵债协议导致某些债权人的利益受到不公平的损害，特别是当这种损害影响到破产重整程序的顺利进行时，该协议可能面临被撤销或调整的风险。
- 根据《企业破产法》的相关规定，管理人有权请求人民法院撤销债务人在破产申请受理前一定期限内（通常是六个月内）进行的对个别债权人进行清偿的行为，如果这种清偿行为损害了其他债权人的利益。
是否符合破产重整程序的要求：
- 破产重整程序旨在通过一系列法律措施，使濒临破产的企业能够继续经营并恢复盈利能力，从而保护债权人和债务人的利益。因此，任何在破产重整程序中进行的交易或协议，都需要符合破产重整程序的目标和要求。
- 如果以房抵债协议是在破产重整程序启动后达成的，那么该协议需要经过管理人的审查和批准，并可能需要经过债权人会议的表决通过，才能确保其合法性和有效性。
法律建议：
- 如果您是债权人，且已经与债务人达成了以房抵债协议，但在债务人进入破产重整程序后遇到问题，建议您及时与管理人沟通，了解协议在破产重整程序中的地位和效力，以及是否需要采取进一步的法律措施来保护自己的权益。
- 如果您是债务人，且正在考虑通过以房抵债的方式来处理债务问题，特别是在可能面临破产重整的情况下，建议您在达成协议前咨询专业律师，了解相关法律风险和后果，以确保协议的合法性和有效性。
可能后果：
- 如果以房抵债协议被认定为无效或被撤销，那么您可能需要恢复原状，即返还已接收的房产或支付相应的债务金额。
- 如果以房抵债协议在破产重整程序中被认可并执行，那么您将按照协议的约定处理债务问题，但也可能需要承担一定的法律风险和后果，如其他债权人的异议或诉讼等。
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