如果三方协议的三张原件全部由个人保管且丢失，首先不要过于慌张，以下是具体的处理建议：

1. 立即联系协议其他方
   第一时间与另外两方（通常是用人单位和学校）取得联系，说明协议丢失的情况。三方协议是三方共同签署的法律文件，其他方可能留有复印件或电子版，可以请求他们协助提供副本或确认协议内容。若对方能提供副本，可要求其在副本上加盖公章或签字确认，以增强其法律效力。

2. 尝试补办协议
   许多学校或用人单位对于三方协议的补办有明确流程。例如，学校可能要求你填写《三方协议补办申请表》，并附上丢失声明（可手写或打印，签字确认），部分学校还需登报声明作废（具体以学校要求为准）。用人单位也可能有类似的补办流程，需按照其要求提交材料。补办过程中，保持与两方的沟通，确保材料齐全、流程顺畅。

3. 协商签订补充协议
   如果补办原协议存在困难（如时间紧迫或流程复杂），可与另外两方协商签订补充协议。补充协议应明确原协议的主要内容（如双方权利义务、违约责任等），并注明因原协议丢失而签订此补充协议。补充协议需三方签字盖章，与原协议具有同等法律效力。

4. 保留沟通记录
   在整个处理过程中，务必保留与另外两方的所有沟通记录（如邮件、短信、微信聊天记录等）。这些记录可以作为证明你已积极采取补救措施的证据，避免因协议丢失而承担不必要的法律责任。

5. 预防未来风险
   为避免类似情况再次发生，建议未来在保管重要法律文件时：

   • 扫描或拍照留存电子版，并备份至云端或外部存储设备；
     
   • 将原件存放在安全、防火防潮的地方；
     
   • 如需携带原件外出，可提前复印或拍照备用。

总结：三方协议丢失后，关键是通过与另外两方的协作，尽快补办或签订补充协议，并保留好所有沟通记录。如果过程中遇到具体问题（如学校或用人单位不配合），可以进一步向我咨询，我会结合具体情况为你提供更详细的解决方案。