结论：多支付工程款已全额追回后，是否还会移交纪委，这并非一个简单的“是”或“否”的问题，而是需要根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：
纪委的职责与移交条件：
- 纪委主要负责监督党的组织和党员，以及国家公职人员的行为，查处违纪违法行为。
- 如果多支付工程款的行为涉及公职人员违纪（如贪污、受贿、滥用职权等），即使款项已全额追回，纪委仍可能根据违纪行为的性质和严重程度，决定是否进行进一步调查或处理。
- 如果多支付工程款是由于管理疏忽、计算错误等非违纪原因造成的，且款项已及时追回，纪委可能不会介入。
款项追回与责任追究的关系：
- 款项的追回并不等同于责任的免除。即使多支付的工程款已经全额追回，相关责任人仍可能因其行为（如失职、渎职等）而受到纪律处分或法律追究。
- 纪委在决定是否移交案件时，会综合考虑多种因素，包括违纪行为的性质、情节、后果以及责任人的态度等。
实际操作中的考量：
- 在实际操作中，如果多支付工程款的行为已经引起了纪委的注意，或者有人向纪委举报了相关情况，纪委可能会进行初步调查，以确定是否存在违纪行为。
- 如果调查结果显示存在违纪行为，即使款项已追回，纪委仍可能根据规定将案件移交相关部门（如检察机关）进行进一步处理。
- 如果调查结果显示不存在违纪行为，或者违纪行为轻微且已得到纠正，纪委可能不会将案件移交。
建议：
- 如果您或您的单位涉及多支付工程款的情况，且已全额追回，建议主动向相关部门（如财务部门、审计部门等）说明情况，并配合进行必要的调查和整改。
- 如果您担心可能涉及违纪行为，或者已经收到纪委的调查通知，建议及时咨询专业律师，了解您的权利和义务，以及可能面临的法律后果。
- 在任何情况下，都应保持诚实和合作的态度，积极配合相关部门的调查和处理工作。
后续思考：
- 多支付工程款的问题不仅涉及经济利益，还可能涉及法律责任和纪律处分。因此，在处理此类问题时，应谨慎对待，确保合规操作。
- 如果您对相关法律法规或纪律规定不了解，建议及时学习或咨询专业人士，以避免不必要的法律风险和纪律处分。
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