竣工两年后才做审计报告，在法律上并没有直接的禁止性规定，因此这一行为本身并不必然违法，但具体是否合法需结合合同约定、法律规定及实际情况综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定角度：

   • 如果建设工程合同中明确约定了审计报告的出具时间或期限，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么双方应当按照合同约定履行。若竣工两年后才做审计报告，违反了合同约定，则可能构成违约，违约方需承担相应的违约责任。
   • 如果合同中没有明确约定审计报告的出具时间或期限，那么双方可以协商确定。在协商无果的情况下，可以依据行业惯例或相关法律法规进行推断。

2. 法律规定角度：

   • 目前，并没有直接的法律法规规定建设工程竣工后必须在多长时间内完成审计报告。但是，审计报告的出具通常与工程结算、付款等紧密相关，因此，及时出具审计报告有助于保障双方的合法权益。
   • 如果因为审计报告出具过晚，导致一方遭受了损失（如利息损失、资金占用成本等），受损方可以依据《民法典》中关于违约责任或侵权责任的规定，要求对方承担相应的赔偿责任。

3. 实际情况角度：

   • 在实际操作中，审计报告的出具时间可能受到多种因素的影响，如工程资料的完整性、审计机构的效率、双方协商的进度等。因此，不能简单地以竣工时间来判断审计报告出具是否合法。
   • 如果因为特殊原因（如不可抗力、双方协商一致延期等）导致审计报告出具过晚，且双方对此均无异议，那么这一行为通常不会被视为违法。

建议：

• 对于建设单位和施工单位而言，应当在合同中明确约定审计报告的出具时间或期限，以及违约责任等相关条款，以避免后续纠纷。
• 如果因为审计报告出具过晚而产生了纠纷，双方应当首先通过协商解决；协商无果的，可以寻求法律途径解决，如提起诉讼或申请仲裁。

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