结论前置：公司一般不可以仅以员工不配合工作为由辞退孕妇，除非孕妇存在严重违反公司规章制度等特定法定情形。否则，公司的行为将构成违法辞退，需承担相应的法律责任。

一、法律对孕期女职工的特殊保护

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条以及《中华人民共和国劳动法》第二十九条的相关规定，女职工在孕期、产期、哺乳期内，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退或与其解除劳动（聘用）合同。这是法律对孕期女职工的特殊保护，旨在保障她们的合法权益不受侵害。

二、公司可以辞退孕妇的特定情形

尽管法律对孕期女职工给予了特殊保护，但在某些特定情形下，公司仍然可以依法解除与孕妇的劳动合同。这些情形主要包括：

1. 严重违反公司规章制度：若孕妇严重违反公司依法制定并公示的规章制度，且达到可解除劳动合同的情形，公司可以辞退。但需注意，公司必须确保规章制度的合法性及程序的正当性，并提供充分证据证明孕妇的违规行为。
2. 严重失职、营私舞弊：若孕妇因严重失职、营私舞弊给公司造成重大损害，公司有权解除合同。此时，公司需证明损害的严重性及与孕妇行为的直接关联。
3. 被依法追究刑事责任：若孕妇被依法追究刑事责任，公司可解除劳动合同。

三、公司违法辞退孕妇的法律后果

若公司违反法律规定，无故辞退孕期女职工，将面临以下法律后果：

1. 继续履行合同：孕妇有权要求恢复原工作岗位，并补发相应工资待遇。
2. 支付赔偿金：若劳动合同无法继续履行或孕妇不要求继续履行，公司需按经济补偿标准的二倍支付赔偿金。赔偿金的计算依据孕妇在本单位工作的年限和月平均工资，具体计算公式为：赔偿金 = 工作年限 × 月平均工资 × 2。例如，若孕妇在公司工作了3年，月平均工资为5000元，则公司需支付的赔偿金为30000元。

四、建议与措施

1. 协商解决：若公司提出辞退孕妇，双方应首先尝试通过友好协商解决争议，寻求合理的解决方案。
2. 收集证据：孕妇应妥善保存劳动合同、工资条、辞退通知等相关证据，以备维权之需。
3. 法律途径维权：若协商不成，孕妇可向劳动争议仲裁机构申请仲裁，对仲裁结果不服的，可进一步向法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

总结与提醒：作为公司，应严格遵守相关法律法规，尊重劳动者的合法权益，特别是孕妇这一特殊群体的权益。如需解除与员工的劳动关系，应确保行为合法、合规，并提前咨询专业法律意见，以避免不必要的法律风险和经济损失。作为孕妇员工，也应了解自己的权益和维权途径，确保在必要时能够采取适当的法律措施保护自己的合法权益。若您有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。