兄妹合资建房，仅有家庭协议并不一定完全有效，其有效性取决于多个因素。以下从不同角度为你详细分析：

1. 家庭协议的法律性质

家庭协议，本质上是一种合同或协议，其法律效力主要取决于协议的内容是否合法、双方意思表示是否真实、是否违反法律法规的强制性规定或公序良俗。如果兄妹之间签订的合资建房协议，内容合法、双方自愿、且没有损害国家、集体或第三人的利益，那么这份协议在法律上是有效的。

2. 产权登记的重要性

然而，仅有家庭协议并不足以完全确定房屋的产权归属。在房产领域，产权登记是确定房屋所有权的重要依据。如果兄妹合资建房后，没有将房屋产权登记在双方名下，或者登记方式不符合法律规定，那么即使有家庭协议，也可能在产权归属上产生争议。因此，建议兄妹在合资建房后，及时办理产权登记手续，明确各自的产权份额。

3. 协议的具体内容

家庭协议的具体内容也会影响其法律效力。例如，如果协议中明确规定了双方的投资比例、产权份额、使用收益分配等事项，且这些规定不违反法律法规，那么这份协议在解决产权纠纷时将具有重要参考价值。但如果协议内容模糊、不明确，或者存在歧义，那么在发生纠纷时，可能难以作为确定产权归属的依据。

4. 可能面临的法律风险

如果兄妹合资建房仅有家庭协议，而没有进行产权登记，那么可能面临以下法律风险：

• 产权纠纷：在房屋使用、收益分配或转让过程中，可能因产权归属不明确而引发纠纷。
• 法律保护不足：在没有产权登记的情况下，如果一方擅自处分房屋（如出售、抵押等），另一方可能难以通过法律途径维护自己的权益。
• 继承问题：如果一方去世，其遗产继承可能因产权归属不明确而变得复杂。

5. 建议与措施

为了降低法律风险，确保兄妹合资建房的合法权益，建议采取以下措施：

• 签订详细的家庭协议：明确双方的投资比例、产权份额、使用收益分配等事项，并确保协议内容合法、双方自愿。
• 及时办理产权登记：在房屋建成后，及时办理产权登记手续，明确各自的产权份额。
• 保留相关证据：保留建房过程中的相关证据（如投资凭证、施工合同等），以便在发生纠纷时作为证据使用。

总结来说，兄妹合资建房仅有家庭协议并不一定完全有效，其有效性取决于协议内容、产权登记情况以及可能面临的法律风险。为了确保合法权益，建议签订详细的家庭协议并及时办理产权登记手续。如果你在这方面还有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。