制药企业转让给境外公司是否合法，不能一概而论，而是需要根据具体情况和相关法律法规进行综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律法规的合规性
外资准入政策：
- 我国对于外资进入特定行业，包括制药行业，有明确的准入政策。这些政策可能涉及外资持股比例、投资方式、审批程序等多个方面。
- 在制药企业转让给境外公司时，必须首先确认该转让是否符合我国的外资准入政策。如果转让涉及外资持股比例超过规定限额，或者投资方式不符合政策要求，那么该转让可能被视为违法。
反垄断审查：
- 如果制药企业的转让可能涉及市场支配地位的形成或加强，那么根据《反垄断法》的相关规定，该转让可能需要经过反垄断审查。
- 未经反垄断审查或审查未通过的转让，可能被视为违法，并可能面临相应的法律制裁。
其他相关法律法规：
- 除了外资准入政策和反垄断审查外，制药企业的转让还可能涉及其他相关法律法规，如《公司法》、《证券法》等。
- 这些法律法规可能对转让的程序、信息披露、股东权益保护等方面提出要求。如果转让过程中违反了这些要求，也可能被视为违法。
二、转让程序的合法性
内部决策程序：
- 制药企业的转让通常需要经过公司内部的决策程序，如董事会决议、股东会决议等。
- 如果转让未经公司内部决策程序或决策程序存在瑕疵，那么该转让可能被视为无效或违法。
外部审批程序：
- 除了内部决策程序外，制药企业的转让还可能需要经过相关政府部门的审批或备案。
- 如果转让未经相关政府部门审批或备案，或者审批/备案过程中存在违法行为，那么该转让也可能被视为违法。
三、实际案例与司法实践
- 在实际案例中，制药企业转让给境外公司的合法性往往取决于具体的事实情况和相关法律法规的适用。
- 司法实践中，法院会根据转让的具体情况、相关法律法规的规定以及双方的证据和辩论情况，对转让的合法性进行综合判断。
四、法律建议
在转让前进行充分的法律尽职调查：
- 制药企业在考虑转让给境外公司时，应首先进行充分的法律尽职调查，了解相关法律法规的要求和限制。
- 通过法律尽职调查，可以及时发现并解决可能存在的法律问题，确保转让的合法性和顺利进行。
寻求专业法律支持：
- 制药企业在转让过程中应寻求专业法律支持，如聘请律师或法律顾问进行法律咨询和代理。
- 专业法律支持可以帮助企业更好地理解和遵守相关法律法规，降低法律风险，确保转让的合法性和有效性。
遵守转让程序和要求：
- 制药企业在转让过程中应严格遵守相关法律法规规定的转让程序和要求，如内部决策程序、外部审批程序等。
- 通过遵守转让程序和要求，可以确保转让的合法性和有效性，避免不必要的法律纠纷和风险。
如果您有具体的制药企业转让案例或疑问，欢迎直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。