营运车辆在限停区域超时停放（超过5分钟）的处罚，需结合具体违法行为和地方性法规综合判断，常见处罚方式如下：

1. 罚款处罚
   根据《道路交通安全法》第93条及地方实施条例，营运车辆（如出租车、网约车、货车等）在禁止长时间停车路段超时停放，通常会被处以20元以上200元以下罚款。具体金额因城市而异，例如：

   • 北京、上海等一线城市可能按上限处罚（如200元）；
     
   • 二三线城市可能按较低标准（如50-100元）执行。
     法律依据：若路段设有“禁止长时间停车”标志且未标注时间限制，默认限停5分钟；若标志明确标注时间（如“限停3分钟”），则以标志为准。

2. 扣分处罚（特定情形）
   若营运车辆在禁停路段（如消防通道、公交站台、路口50米内等）超时停放，可能同时被记分：

   • 普通营运车辆（如货车）通常扣3分；
     
   • 客运车辆（如出租车、网约车）若因违停导致交通事故或严重拥堵，可能扣6分。
     例外：若路段仅标注“限停5分钟”但未明确禁止停车，一般不扣分，仅罚款。

3. 拖移车辆（严重情形）
   若营运车辆违停导致交通瘫痪、阻碍应急救援等，交警有权强制拖移车辆，并由车主承担拖车费及停车费（通常每日50-200元）。

操作建议：

1. 现场处理：若被贴罚单，需在15日内通过“交管12123”APP或线下窗口缴纳罚款，逾期可能产生滞纳金（每日3%，最高不超过罚款本金）。
   
2. 行政复议：若认为处罚不当（如标志模糊、未设置计时设备），可在收到处罚决定书60日内向当地交警支队申请复议。
   
3. 合规建议：营运车辆司机应提前熟悉常跑路段的停车规定，必要时使用计时器提醒，避免因超时停放引发处罚。

提示：各地具体处罚标准可能存在差异，建议以当地交警部门公示为准。若有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。