股权代持转让款纠纷确实受诉讼时效的影响。以下是对这一问题的详细解析：

1. 诉讼时效的基本规定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这一规定同样适用于股权代持转让款纠纷。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。若超过二十年未行使权利，人民法院将不予保护，除非有特殊情况可申请延长。

2. 诉讼时效的起算点：

   • 在股权代持转让款纠纷中，诉讼时效的起算点通常是从权利人知道或应当知道其权利受到损害以及义务人之日起开始计算。例如，当隐名股东（实际出资人）发现显名股东（名义股东）擅自处分了代持的股权，或者未按照约定支付转让款时，即开始计算诉讼时效。

3. 诉讼时效的中断与中止：

   • 中断：根据《民法典》第一百九十五条，若权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等情形出现，诉讼时效将中断，并从中断、有关程序终结时起重新计算。这意味着，即使原本的三年诉讼时效已经部分或全部经过，但由于上述中断情形的出现，诉讼时效将重新开始计算。
   • 中止：根据《民法典》第一百九十四条，在诉讼时效期间的最后六个月内，若因不可抗力或其他障碍导致权利人不能行使请求权，诉讼时效将中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。这为权利人提供了一定的法律保护，避免因不可抗力等因素而丧失维权机会。

4. 诉讼时效的意义与后果：

   • 诉讼时效制度旨在督促当事人及时行使权利，维护社会稳定，避免权利义务关系长期处于不确定状态。若股权代持转让款纠纷的诉讼时效已过，义务人可以提出不履行义务的抗辩，这意味着权利人可能丧失通过法律途径保护自身权益的机会。

5. 实际操作建议：

   • 面对股权代持转让款纠纷，当事人应密切关注诉讼时效问题，确保在法定期限内采取法律行动。同时，对于可能导致诉讼时效中断或中止的情形，应及时保留证据，如提出履行请求的书面记录、义务人同意履行的承诺等。
   • 若对诉讼时效的计算或应用存在疑问，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律指导和建议。

综上所述，股权代持转让款纠纷确实受诉讼时效的影响。当事人应充分了解相关法律法规及司法实践，确保在法定期限内行使权利，以维护自身合法权益。